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- PDB-7vma: The X-ray crystallographic structure of amylo-alpha-1,6-glucosida... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vma
タイトルThe X-ray crystallographic structure of amylo-alpha-1,6-glucosidase from Thermococcus gammatolerans STB12
要素Amylo-alpha-1,6-glucosidase, putative archaeal type glycogen debranching enzyme (Gde)
キーワードHYDROLASE / Amylo-alpha-1 / 6-glucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


amylo-alpha-1,6-glucosidase / amylo-alpha-1,6-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Putative glycogen debranching enzyme, N-terminal / N-terminal domain of (some) glycogen debranching enzymes / Glycogen debranching enzyme, C-terminal / Amylo-alpha-1,6-glucosidase / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amylo-alpha-1,6-glucosidase, putative archaeal type glycogen debranching enzyme (Gde)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus gammatolerans EJ3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Li, Z.F. / Ban, X.F. / Wang, Y.M. / Li, C.M. / Gu, Z.B.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31722040 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31771935 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31901628 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The X-ray Crystallographic Structure of Amylo-alpha-1,6-glucosidase from Thermococcus gannatilerans STB12
著者: Li, Z.F. / Ban, X.F. / Wang, Y.M. / Li, C.M. / Gu, Z.B.
履歴
登録2021年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amylo-alpha-1,6-glucosidase, putative archaeal type glycogen debranching enzyme (Gde)
B: Amylo-alpha-1,6-glucosidase, putative archaeal type glycogen debranching enzyme (Gde)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4112
ポリマ－137,4112
非ポリマー00
水25214
1
A: Amylo-alpha-1,6-glucosidase, putative archaeal type glycogen debranching enzyme (Gde)

A: Amylo-alpha-1,6-glucosidase, putative archaeal type glycogen debranching enzyme (Gde)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4112
ポリマ－137,4112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area45000 Å2
手法PISA
2
B: Amylo-alpha-1,6-glucosidase, putative archaeal type glycogen debranching enzyme (Gde)

B: Amylo-alpha-1,6-glucosidase, putative archaeal type glycogen debranching enzyme (Gde)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4112
ポリマ－137,4112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area43480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.087, 108.087, 225.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Amylo-alpha-1,6-glucosidase, putative archaeal type glycogen debranching enzyme (Gde)


分子量: 68705.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus gammatolerans EJ3 (古細菌)
株: DSM 15229 / JCM 11827 / EJ3 / 遺伝子: gde, TGAM_1568
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: C5A758, amylo-alpha-1,6-glucosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 25%tertiary butanol; 0.1M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→48.77 Å / Num. obs: 44230 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.52→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.022 / Num. unique obs: 4569

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predict using alpha-fold

解像度: 2.804→38.998 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 1562 4.96 %RANDOM
Rwork0.244 29903 --
obs0.2483 31465 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.94 Å2 / Biso mean: 94.3893 Å2 / Biso min: 57.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.804→38.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9704 0 0 14 9718
Biso mean---82.41 -
残基数----1240
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.804-2.89450.43371240.35262692281699
2.8945-2.99790.40161250.345827402865100
2.9979-3.11790.40691490.348927022851100
3.1179-3.25970.40741530.336226872840100
3.2597-3.43150.38981370.327227212858100
3.4315-3.64630.40611560.303527342890100
3.6463-3.92760.38171530.284726922845100
3.9276-4.32240.35141140.251627562870100
4.3224-4.94680.32551730.223926962869100
4.9468-6.22840.35441330.231127462879100
6.2284-38.99150.22361450.17522737288299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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