PDB-7vkj: Structure of ESRP1 qRRM3 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vkj

タイトル

Structure of ESRP1 qRRM3 domain

要素

Epithelial splicing regulatory protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / qRRM domain / RNA binding / circRNA / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of inner ear auditory receptor cell fate specification / FGFR2 alternative splicing / regulation of RNA splicing / RNA splicing / mRNA processing / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nuclear body / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Wu, B.X. / Patel, D.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ESRP1 qRRM3 domain
著者: Wu, B.X. / Patel, D.J.

履歴

登録	2021年9月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vkj.cif.gz	198.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vkj.ent.gz	152 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vkj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vkj_validation.pdf.gz	479.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vkj_full_validation.pdf.gz	483.4 KB	表示
XML形式データ	7vkj_validation.xml.gz	40.3 KB	表示
CIF形式データ	7vkj_validation.cif.gz	60.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vkiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Epithelial splicing regulatory protein 1

B: Epithelial splicing regulatory protein 1

C: Epithelial splicing regulatory protein 1

D: Epithelial splicing regulatory protein 1

E: Epithelial splicing regulatory protein 1

F: Epithelial splicing regulatory protein 1

G: Epithelial splicing regulatory protein 1

H: Epithelial splicing regulatory protein 1

99.9 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.572, 102.813, 107.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.931581308383, 0.22385449457, -0.286435736479), (-0.243942437005, -0.199253671619, -0.949099605824), (-0.269533584734, 0.954037284181, -0.131013385167)	11.6003899592, 3.77651486772, 4.008362461
2	given	(-0.893454954054, -0.0154143266142, 0.448888230645), (0.0336645651313, -0.998897966041, 0.032703982835), (0.447889430698, 0.0443311625584, 0.892989252956)	-11.3003514257, -2.1663656298, 1.79824450223
3	given	(-0.964385695184, 0.192567879761, 0.181322482356), (0.214502989297, 0.168309449615, 0.962112465751), (0.154753670413, 0.966741713621, -0.203621611425)	-19.3639773128, -5.34480500746, 10.3034275437
4	given	(-0.997870490967, 0.0336418426133, 0.0558812104569), (0.0106280742235, 0.929138709435, -0.36957854736), (-0.0643546990891, -0.368197616852, -0.927517648161)	-12.0155848312, 19.3251053786, 7.36879656165
5	given	(0.910353950075, 0.0333614879559, -0.412483571437), (0.162063746614, -0.945873439494, 0.281173929255), (-0.380776873795, -0.322816430159, -0.866486309645)	20.1171301821, -2.46027103293, 4.40204721751
6	given	(-0.935371822268, -0.216495387125, 0.279659259565), (-0.311681660031, 0.130923426047, -0.941123583443), (0.167134966142, -0.967465143489, -0.189939725247)	-2.00696251374, 2.28895010497, 4.03064570821
7	given	(0.973783835702, -0.176816699979, -0.143111480792), (0.118081909556, -0.14480979727, 0.982388306756), (-0.194426603019, -0.973532730432, -0.120134586258)	8.15313715786, 9.32910926502, -0.601708220011

#1: タンパク質	Epithelial splicing regulatory protein 1 / RNA-binding motif protein 35A / RNA-binding protein 35A 分子量: 12484.396 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRP1, RBM35A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NXG1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 934 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 2073014 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 12.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.77 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 26.176
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 3.214 / Num. unique obs: 17259 / CC_1/2: 0.876 / CC star: 0.966 / R_pim(I) all: 0.278 / R_rim(I) all: 1.006 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VKI

7vki

解像度: 1.45→29.347 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.197 / WR_factor R_work: 0.176 / SU B: 0.998 / SU ML: 0.039 / Average fsc free: 0.9406 / Average fsc work: 0.9469 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1899	8155	5.001 %
R_work	0.1705	154909	-
all	0.171	-	-
obs	-	163064	93.163 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.672 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.354 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.143 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→29.347 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6570	0	0	934	7504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	6708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	6361
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.915	1.648	9021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.524	1.587	14577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.378	5	823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.155	21.21	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.238	15	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.938	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	7718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	6030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	3281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	3338
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	563
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.034	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.249	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.592	1.356	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.587	1.355	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.414	2.03	4129
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.414	2.031	4130
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.701	1.741	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.701	1.742	3395
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.219	2.488	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.217	2.488	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.52	17.811	7367
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.413	17.114	7111

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.488	0.25	606	0.231	11255	X-RAY DIFFRACTION	92.5628
1.488-1.528	0.233	650	0.211	11666	X-RAY DIFFRACTION	99.0191
1.528-1.572	0.204	622	0.183	11503	X-RAY DIFFRACTION	99.6548
1.572-1.621	0.205	614	0.173	11150	X-RAY DIFFRACTION	99.8472
1.621-1.674	0.197	564	0.167	10852	X-RAY DIFFRACTION	99.8338
1.674-1.732	0.18	553	0.161	10500	X-RAY DIFFRACTION	99.6933
1.732-1.797	0.204	540	0.162	10106	X-RAY DIFFRACTION	99.607
1.797-1.87	0.191	496	0.161	9832	X-RAY DIFFRACTION	99.9806
1.87-1.953	0.298	304	0.269	5461	X-RAY DIFFRACTION	58.3443
1.953-2.048	0.195	443	0.168	9014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.048-2.158	0.185	414	0.161	8617	X-RAY DIFFRACTION	99.9115
2.158-2.289	0.246	211	0.214	4231	X-RAY DIFFRACTION	51.7836
2.289-2.446	0.178	417	0.15	7594	X-RAY DIFFRACTION	99.565
2.446-2.64	0.167	385	0.156	7112	X-RAY DIFFRACTION	99.6412
2.64-2.89	0.173	344	0.16	6593	X-RAY DIFFRACTION	99.9568
2.89-3.227	0.164	273	0.155	6042	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.719	0.171	197	0.163	4012	X-RAY DIFFRACTION	75.2817
3.719-4.538	0.162	190	0.147	3639	X-RAY DIFFRACTION	79.9374
4.538-6.345	0.193	214	0.175	3538	X-RAY DIFFRACTION	99.4434
6.345-29.347	0.174	117	0.19	2155	X-RAY DIFFRACTION	99.6491

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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