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- PDB-7vju: Crystal Structure of terephthalate dioxygenase from Comamonas tes... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vju
タイトルCrystal Structure of terephthalate dioxygenase from Comamonas testosteroni KF1
要素
  • Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
  • Rieske (2Fe-2S) domain protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / dioxygenase / bacterial protein / metalloprotein / Rieske domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Ring-hydroxylating dioxygenase, large/alpha subunit AhdA1c-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain ...: / Ring-hydroxylating dioxygenase, large/alpha subunit AhdA1c-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Rieske (2Fe-2S) domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Mahto, J.K. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/HRD/NBA/37/01/2015 (VIII) インド
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2022
タイトル: Structural Insights into Dihydroxylation of Terephthalate, a Product of Polyethylene Terephthalate Degradation.
著者: Mahto, J.K. / Neetu, N. / Sharma, M. / Dubey, M. / Vellanki, B.P. / Kumar, P.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rieske (2Fe-2S) domain protein
B: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
C: Rieske (2Fe-2S) domain protein
D: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
E: Rieske (2Fe-2S) domain protein
F: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,07333
ポリマ－191,2156
非ポリマー2,85827
水16,484915
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30060 Å2
ΔGint-256 kcal/mol
Surface area53880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.561, 134.213, 145.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Rieske (2Fe-2S) domain protein


分子量: 46399.832 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (strain DSM 14576 / KF-1) (バクテリア)
株: DSM 14576 / KF-1 / 遺伝子: CtesDRAFT_PD2130 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7WRJ9
#2: タンパク質 Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit


分子量: 17338.504 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (strain DSM 14576 / KF-1) (バクテリア)
株: DSM 14576 / KF-1 / 遺伝子: CtesDRAFT_PD2129 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7WRJ8

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非ポリマー , 7種, 942分子

#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 915 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.4 M Ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Tris pH 8.5, and 4% PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→67.15 Å / Num. obs: 79803 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.27→2.32 Å / Num. unique obs: 4634 / CC1/2: 0.811

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3gzx

3gzx


解像度: 2.27→67.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 12.588 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 3959 5 %RANDOM
Rwork0.1567 ---
obs0.1598 75843 96.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 153.8 Å2 / Biso mean: 51.09 Å2 / Biso min: 24.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.61 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----1.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→67.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12676 0 145 915 13736
Biso mean--66.42 53.56 -
残基数----1609
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01213087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0191.63117677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.12751602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.73222.032748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.548152133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4361595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1540.21662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0210032
LS精密化 シェル解像度: 2.274→2.333 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 287 -
Rwork0.234 5695 -
all-5982 -
obs--99.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.39740.12930.08710.3883-0.22110.21780.01860.0383-0.0505-0.0685-0.1319-0.11030.03850.11830.11330.12110.04020.00820.23570.0340.195942.2133-11.1369-21.0963
20.57790.2818-0.23560.4481-0.52370.64340.006-0.0797-0.13780.1808-0.0797-0.085-0.2370.03490.07370.2706-0.0116-0.0890.25230.03360.069834.5776-2.59497.7642
30.2309-0.2010.12390.3604-0.16550.2771-0.0209-0.0931-0.0534-0.1110.19120.12770.0522-0.0332-0.17040.1377-0.0199-0.03390.16190.09170.2481-1.5167-14.8042-22.5047
40.31970.06870.46370.26810.08180.7776-0.01-0.1132-0.12390.05870.13830.0344-0.0395-0.0518-0.12820.16280.05460.05920.2930.1490.110310.5433-16.66525.4962
50.2222-0.06310.09330.3248-0.30620.2996-0.08580.06880.07210.12410.049-0.0108-0.1509-0.02210.03680.2455-0.0051-0.03940.1109-0.03970.209617.869225.659-18.0773
60.8232-0.88010.30340.9634-0.32380.1119-0.3079-0.2593-0.05630.29240.32680.0431-0.113-0.0921-0.01890.33860.15660.02380.3128-0.04430.022110.142210.9888.4242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 607
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 154
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 602
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5E5 - 606
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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