PDB-7vir: Crystal structure of Au(100EQ)-apo-R168H/L169C-rHLFr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vir

タイトル

Crystal structure of Au(100EQ)-apo-R168H/L169C-rHLFr

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / ferritin

機能・相同性

機能・相同性情報

: / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lu, C. / Peng, X. / Maity, B. / Ito, N. / Abe, S. / Ueno, T. / Lu, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2022
タイトル: Design of a gold clustering site in an engineered apo-ferritin cage.
著者: Lu, C. / Maity, B. / Peng, X. / Ito, N. / Abe, S. / Sheng, X. / Ueno, T. / Lu, D.

履歴

登録	2021年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vir.cif.gz	58 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vir.ent.gz	39.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/7vir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/7vir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vioC 7vipC 7viqC 7visC 7vitC 7viuC 1datS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (11)
#107 - 2008年11月
機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#114 - 2009年6月
ヴォールト (Vaults)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Size exclusion X-ray structure
532 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_545	-x,-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_545	x,-y-1,-z	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_545	z,-y-1,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_545	-z,-y-1,-x	1
crystal symmetry operation	29_545	z,x-1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	30_544	z,-x-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	31_545	-z,-x-1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	32_544	-z,x-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	41_544	x,z-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	42_545	-x,z-1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	43_544	-x,-z-1/2,-y-1/2	1
crystal symmetry operation	44_545	x,-z-1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	81_545	y+1/2,z-1/2,x	1
crystal symmetry operation	82_445	-y-1/2,z-1/2,-x	1
crystal symmetry operation	83_545	y+1/2,-z-1/2,-x	1
crystal symmetry operation	84_445	-y-1/2,-z-1/2,x	1
crystal symmetry operation	85_545	y+1/2,x-1/2,-z	1
crystal symmetry operation	86_445	-y-1/2,-x-1/2,-z	1
crystal symmetry operation	87_545	y+1/2,-x-1/2,z	1
crystal symmetry operation	88_445	-y-1/2,x-1/2,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.213, 180.213, 180.213
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- CD
2	1	A-203- CD
3	1	A-214- CD
4	1	A-215- SO4
5	1	A-430- HOH
6	1	A-431- HOH

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19843.365 Da / 分子数: 1 / 変異: R168H/L169C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate, Cadmium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.540562 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.540562 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→12.91 Å / Num. obs: 20252 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1322 / CC_1/2: 0.877 / R_pim(I) all: 0.237 / R_rim(I) all: 0.606 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro	171.40_64.67a	データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1dat

1dat

解像度: 1.9→12.909 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.178 / WR_factor R_work: 0.143 / SU B: 2.274 / SU ML: 0.068 / Average fsc free: 0.9498 / Average fsc work: 0.9582 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.115
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2085	991	4.894 %
R_work	0.17	19259	-
all	0.172	-	-
obs	-	20250	99.489 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.605 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→12.909 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1363	0	27	131	1521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.775	1.624	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.212	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.588	22.529	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.546	15	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.441	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	981
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.095	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.232	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.095	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.602	1.365	698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.315	2.031	875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.975	1.687	738
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.454	2.406	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.117	19.55	2227

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.256	70	0.221	1400	X-RAY DIFFRACTION	100
1.949-2.003	0.181	62	0.205	1362	X-RAY DIFFRACTION	99.9298
2.003-2.061	0.249	62	0.179	1332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.124	0.184	69	0.173	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
2.124-2.194	0.226	72	0.174	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.271	0.223	58	0.172	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.271-2.356	0.205	64	0.175	1175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.356-2.453	0.184	66	0.163	1127	X-RAY DIFFRACTION	100
2.453-2.562	0.205	66	0.168	1071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.562-2.687	0.233	53	0.161	1039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.687-2.832	0.186	46	0.155	1021	X-RAY DIFFRACTION	99.9064
2.832-3.003	0.208	50	0.153	934	X-RAY DIFFRACTION	100
3.003-3.211	0.196	44	0.148	898	X-RAY DIFFRACTION	100
3.211-3.468	0.168	36	0.158	840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.468-3.798	0.184	36	0.152	788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.798-4.246	0.228	35	0.163	717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.246-4.901	0.198	34	0.165	635	X-RAY DIFFRACTION	100
4.901-5.999	0.234	29	0.215	547	X-RAY DIFFRACTION	100
5.999-8.47	0.188	32	0.198	441	X-RAY DIFFRACTION	100
8.47-12.909	0.514	7	0.16	195	X-RAY DIFFRACTION	66.6667

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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