PDB-7viq: Crystal structure of Au(50EQ)-apo-R168H/L169C-rHLFr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7viq

タイトル

Crystal structure of Au(50EQ)-apo-R168H/L169C-rHLFr

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / ferritin

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / intracellular sequestering of iron ion / autophagosome / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lu, C. / Peng, X. / Maity, B. / Ito, N. / Abe, S. / Ueno, T. / Lu, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2022
タイトル: Design of a gold clustering site in an engineered apo-ferritin cage.
著者: Lu, C. / Maity, B. / Peng, X. / Ito, N. / Abe, S. / Sheng, X. / Ueno, T. / Lu, D.

履歴

登録	2021年9月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月8日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7viq.cif.gz	57.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7viq.ent.gz	40.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7viq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7viq_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7viq_full_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示
XML形式データ	7viq_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	7viq_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/7viq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/7viq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vioC 7vipC 7virC 7visC 7vitC 7viuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (11)
#107 - 2008年11月
機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#114 - 2009年6月
ヴォールト (Vaults)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Size exclusion X-ray structure
532 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.734, 180.734, 180.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-211- CD
2	1	A-212- CD
3	1	A-214- CD

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19843.365 Da / 分子数: 1 / 変異: R168H/L169C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 197分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulfate, Cadmium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.540562 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.540562 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→12.946 Å / Num. obs: 20430 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.577 / Num. unique obs: 1364 / CC_1/2: 0.914 / R_pim(I) all: 0.23 / R_rim(I) all: 0.622

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrysalisPro	171.40_64.67a	データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1da't

解像度: 1.9→12.946 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.161 / WR_factor R_work: 0.141 / SU B: 2.37 / SU ML: 0.069 / Average fsc free: 0.95 / Average fsc work: 0.9562 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	1069	5.233 %
R_work	0.1687	19360	-
all	0.17	-	-
obs	-	20429	99.489 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→12.946 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1363	0	30	181	1574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.876	1.629	1947
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.347	5	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.391	22.045	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.224	15	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.543	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	990
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.399	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.637	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.551	1.329	696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.261	1.977	872
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.146	1.637	746
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.677	2.309	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.065	19.628	2359

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.251	80	0.232	1393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.949-2.003	0.289	56	0.211	1402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.003-2.061	0.221	77	0.193	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.124	0.217	70	0.183	1296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.124-2.194	0.247	71	0.175	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.271	0.174	70	0.167	1219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.271-2.356	0.21	53	0.166	1183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.356-2.453	0.16	64	0.17	1138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.453-2.562	0.219	57	0.155	1103	X-RAY DIFFRACTION	100
2.562-2.687	0.176	61	0.144	1029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.687-2.832	0.131	51	0.145	1015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.832-3.003	0.228	55	0.16	943	X-RAY DIFFRACTION	100
3.003-3.211	0.159	55	0.157	906	X-RAY DIFFRACTION	100
3.211-3.468	0.245	48	0.155	837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.468-3.798	0.164	43	0.144	775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.798-4.246	0.145	42	0.153	714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.246-4.901	0.168	48	0.155	637	X-RAY DIFFRACTION	99.8542
4.901-5.999	0.22	33	0.201	548	X-RAY DIFFRACTION	100
5.999-8.47	0.247	23	0.196	455	X-RAY DIFFRACTION	100
8.47-12.946	0.234	12	0.217	188	X-RAY DIFFRACTION	66.0066

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関連情報:EMDBヘッダ

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