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万見
- PDB-7vim: The C-terminal DNA binding domain of EsrB from Edwardsiella piscicida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vim
タイトルThe C-terminal DNA binding domain of EsrB from Edwardsiella piscicida
要素Protein EsrB
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA binding / EsrB / Edwardsiella piscicida
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Edwardsiella piscicida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, B. / Reverter, D. / Shao, S.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-66417-P (MINECO/FEDER) スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The C-terminal DNA binding domain of EsrB from Edwardsiella piscicida
著者: Liu, B. / Reverter, D. / Shao, S.
履歴
登録2021年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein EsrB
B: Protein EsrB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5572
ポリマ－16,5572
非ポリマー00
水37821
1
A: Protein EsrB

B: Protein EsrB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5572
ポリマ－16,5572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_544-x,y-1/2,-z-1/21
Buried area780 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.111, 58.051, 81.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein EsrB / Two component system response regulator


分子量: 8278.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Edwardsiella piscicida (バクテリア)
遺伝子: EVK84_02890, MA13_contig00007-0127 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A034T5T1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 12% ethanol, 5% glycerol, 100mM Tris PH 8,5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.188→47.193 Å / Num. obs: 9987 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 41.97 Å2 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.076 / Net I/av σ(I): 5.7 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 62270
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.19-2.316.10.6431.1829413680.2780.7020.643396.1
2.31-2.456.20.4481.5849713610.1970.490.4484.4100
2.45-2.616.50.2682.4836412830.1150.2920.2686100
2.61-2.826.20.173.9738211850.0740.1850.177.2100
2.82-3.096.40.1056.4710611030.0450.1140.10510.3100
3.09-3.466.40.0798.3646410150.0340.0860.07913.6100
3.46-3.996.20.0649.555869000.0280.070.06420.5100
3.99-4.896.20.05211.648237840.0230.0570.05225.1100
4.89-6.926.10.05311.237016090.0240.0580.05321.8100
6.92-47.1935.40.04310.420533790.020.0470.04328.699.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.2→47.193 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2807 473 4.81 %
Rwork0.2293 9368 -
obs0.2316 9841 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.085 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.81 Å2 / Biso mean: 43.39 Å2 / Biso min: 20.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8692 Å2-0 Å20 Å2
2---1.0262 Å20 Å2
3---3.6888 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→47.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1056 0 0 21 1077
Biso mean---41.07 -
残基数----131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081066
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1121433
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.303425
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.2-2.51840.38571570.28283040
2.5184-3.17280.2881520.22513095
3.1728-47.1930.25651640.22073233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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