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- PDB-7vib: Crystal structure of human ACE2 and GX/P2V RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vib
タイトルCrystal structure of human ACE2 and GX/P2V RBD
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / endocytosis involved in viral entry into host cell / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cilium / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily ...Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pangolin coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Guo, Y. / Cao, W. / Jia, N. / Wang, W. / Yuan, S. / Wang, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670731 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870733 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human ACE2 and GX/P2V RBD
著者: Guo, Y. / Cao, W. / Jia, N. / Wang, W. / Yuan, S. / Wang, Y.
履歴
登録2021年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Spike glycoprotein
C: Angiotensin-converting enzyme 2
D: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,8396
ポリマ－181,7084
非ポリマー1312
水00
1
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9193
ポリマ－90,8542
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area33920 Å2
手法PISA
2
C: Angiotensin-converting enzyme 2
D: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9193
ポリマ－90,8542
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.672, 120.150, 107.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Angiotensin-converting enzyme-related ...Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Angiotensin-converting enzyme-related carboxypeptidase / ACE-related carboxypeptidase / Metalloprotease MPROT15


分子量: 69153.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2
#2: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 21700.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pangolin coronavirus (ウイルス) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A6G6A2Q2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20%(w/v) PEG3000 100 mM CAPS pH10.5 200 mM Nacl 10 mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 50664 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 0.634 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.2-3.2640.71317130.7560.4170.8290.6599.9
3.26-3.3140.62516520.8040.3640.7260.605100
3.31-3.3840.5617260.8150.3270.6510.61199.9
3.38-3.453.20.46216210.9320.3070.5580.97295.4
3.45-3.523.40.38315960.8950.2430.4560.66396
3.52-3.63.90.30516700.9320.1810.3560.60799.6
3.6-3.693.40.31416390.8730.2010.3751.00695.6
3.69-3.7940.23816750.9580.1370.2750.62999.7
3.79-3.913.50.20916040.9060.1320.2490.92194.5
3.91-4.033.50.15716170.9640.0950.1850.59893.5
4.03-4.183.80.13616650.9710.0810.1590.60999.5
4.18-4.343.60.11516900.9760.070.1350.60799.6
4.34-4.543.90.09117030.9860.0530.1060.57799.6
4.54-4.783.90.08316910.9860.0480.0960.58999.5
4.78-5.083.80.07316870.9910.0430.0850.58699.5
5.08-5.473.60.06617040.9870.040.0770.5299.4
5.47-6.0240.06417060.9880.0370.0740.49999.8
6.02-6.893.90.0517060.9860.0290.0580.49599.9
6.89-8.673.70.02817120.9940.0170.0330.50599.7
8.67-503.50.02117320.9880.0130.0250.6497.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M0J

6m0j


解像度: 3.2→47.29 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 3295 6.5 %
Rwork0.2036 47369 -
obs0.2072 50664 75.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.94 Å2 / Biso mean: 60.0022 Å2 / Biso min: 35.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→47.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12685 0 2 0 12687
Biso mean--76.79 --
残基数----1566
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.250.3273400.306961365323
3.25-3.30.369610.274392298335
3.3-3.350.2985710.3025995106639
3.35-3.40.3369780.2951211128946
3.4-3.460.3966720.3281006107839
3.46-3.530.3353950.29161390148553
3.53-3.590.32861100.25631691180165
3.59-3.670.35811190.26731733185266
3.67-3.750.26671320.27831863199571
3.75-3.830.27931540.23612115226982
3.83-3.930.35251330.26431778191168
3.93-4.030.26871500.21682187233783
4.04-4.150.28611670.21152334250190
4.15-4.290.30071690.21112455262493
4.29-4.440.26591720.1942464263696
4.44-4.620.22381800.17782551273197
4.62-4.830.21641770.16662530270798
4.83-5.080.2261740.16842541271597
5.08-5.40.22511780.17832508268696
5.4-5.820.24181740.18922552272697
5.82-6.40.22841790.19062542272199
6.4-7.320.25891800.19562547272798
7.33-9.220.20671770.15432557273497
9.22-47.290.21341530.16852284243788

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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