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- PDB-7vhv: Crystal structure of S. aureus D-alanine alanyl carrier protein ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vhv
タイトルCrystal structure of S. aureus D-alanine alanyl carrier protein ligase
要素D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
キーワードLIGASE / D-alanine / Dlt operon
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-[D-alanyl-carrier protein] ligase / D-alanine [D-alanyl carrier protein] ligase activity / lipoteichoic acid biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase / D-alanine:D-alanyl carrier protein ligase-like / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Lee, B.J. / Lee, I.-G. / Im, H.G. / Yoon, H.J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1F1A1050961 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A5A2024425 韓国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural and functional analysis of the D-alanyl carrier protein ligase DltA from Staphylococcus aureus Mu50.
著者: Lee, I.G. / Song, C. / Yang, S. / Jeon, H. / Park, J. / Yoon, H.J. / Im, H. / Kang, S.M. / Eun, H.J. / Lee, B.J.
履歴
登録2021年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
C: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
A: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
B: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,90712
ポリマ－218,7814
非ポリマー2,1268
水6,864381
1
C: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2273
ポリマ－54,6951
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20180 Å2
手法PISA
2
D: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2273
ポリマ－54,6951
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20720 Å2
手法PISA
3
B: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2273
ポリマ－54,6951
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
4
A: D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2273
ポリマ－54,6951
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.468, 88.510, 130.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...
21(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...
31(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...
41(chain D and (resseq 2 or (resid 3 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...A2
121(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...A3
131(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...A1 - 511
141(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...A1 - 511
151(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...A1 - 511
161(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...A1 - 511
171(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...A1 - 511
181(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...A1 - 511
211(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...B2
221(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...B3
231(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...B1 - 511
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271(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...B1 - 511
281(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...B1 - 511
311(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...C2
321(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...C3
331(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...C2 - 511
341(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...C2 - 511
351(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...C2 - 511
361(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...C2 - 511
371(chain C and (resseq 2 or (resid 3 and (name...C2 - 511
411(chain D and (resseq 2 or (resid 3 and (name...D2
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461(chain D and (resseq 2 or (resid 3 and (name...D2 - 511
471(chain D and (resseq 2 or (resid 3 and (name...D2 - 511
481(chain D and (resseq 2 or (resid 3 and (name...D2 - 511

-
要素

#1: タンパク質
D-alanine--D-alanyl carrier protein ligase / DCL / D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1 / D-alanine-activating enzyme / DAE


分子量: 54695.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: dltA, SAV0932 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P68876, D-alanine-[D-alanyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 5% PEG 4K, 0.16 M Magnesium acetate, 0.1 M Na. cacodylate, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→40 Å / Num. obs: 66485 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.9613 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Num. unique obs: 8768 / CC1/2: 0.8217

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FCC

3fcc


解像度: 2.55→39.911 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 1994 3 %
Rwork0.1893 64491 -
obs0.1909 66485 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.85 Å2 / Biso mean: 48.0957 Å2 / Biso min: 21.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→39.911 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15286 0 128 381 15795
Biso mean--42.23 42.97 -
残基数----1930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01215722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48921336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0862422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6089528
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7957X-RAY DIFFRACTION11.676TORSIONAL
12B7957X-RAY DIFFRACTION11.676TORSIONAL
13C7957X-RAY DIFFRACTION11.676TORSIONAL
14D7957X-RAY DIFFRACTION11.676TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.55-2.61380.33691380.2636449598
2.6138-2.68450.31151380.24484625100
2.6845-2.76340.31121420.24074564100
2.7634-2.85260.29751360.25734641100
2.8526-2.95450.37181490.2424576100
2.9545-3.07280.2961380.23284603100
3.0728-3.21260.27631500.22074600100
3.2126-3.38190.2871480.20974581100
3.3819-3.59360.23861400.191462099
3.5936-3.87090.23521420.18284585100
3.8709-4.260.20931490.167458899
4.26-4.87550.20521410.1511461399
4.8755-6.1390.19271380.1694654100
6.139-39.9110.17691450.1523474699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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