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- PDB-7vhd: Crystal structure of the STX2a complexed with R4A peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vhd
タイトルCrystal structure of the STX2a complexed with R4A peptide
要素
  • ARG-ARG-ARG-ARG-ALA
  • Shiga toxin 2 B subunit
  • rRNA N-glycosylase
キーワードTOXIN / Shiga Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis by symbiont of host erythrocytes / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Shiga-like toxin, subunit A / Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Enterotoxin / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / Shiga toxin 2, subunit B / rRNA N-glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Senda, M. / Takahashi, M. / Nishikawa, K. / Senda, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101071 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: A unique peptide-based pharmacophore identifies an inhibitory compound against the A-subunit of Shiga toxin.
著者: Watanabe-Takahashi, M. / Senda, M. / Yoshino, R. / Hibino, M. / Hama, S. / Terada, T. / Shimizu, K. / Senda, T. / Nishikawa, K.
履歴
登録2021年9月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA N-glycosylase
B: Shiga toxin 2 B subunit
C: Shiga toxin 2 B subunit
D: Shiga toxin 2 B subunit
E: Shiga toxin 2 B subunit
F: Shiga toxin 2 B subunit
G: ARG-ARG-ARG-ARG-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,87211
ポリマ－73,0677
非ポリマー8054
水8,827490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14200 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.410, 146.410, 60.669
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 rRNA N-glycosylase / Shiga toxin 2 A subunit


分子量: 33228.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: stx2a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XBV2, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質
Shiga toxin 2 B subunit


分子量: 7824.590 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: stxII, stx2B, stx2B_2, stx2dB, stx2vB, stxB2, vtx2B
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7DJJ2
#3: タンパク質・ペプチド ARG-ARG-ARG-ARG-ALA


分子量: 715.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-1PS / 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE / 1-(3-SULFOPROPYL) PYRIDINIUM / PPS


分子量: 201.243 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 4 M Sodium Formate, 100mM MES pH 6.5, 50 mM PPS

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.92 Å / Num. obs: 68935 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4085 / Rpim(I) all: 0.268

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX1.19_4092精密化
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D6R

7d6r


解像度: 1.8→47.92 Å / SU ML: 0.1955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.4733
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1908 3338 4.85 %
Rwork0.1665 65555 -
obs0.1677 68893 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4955 0 53 490 5498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00655144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86346974
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057782
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082901
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3168719
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.830.32941260.26222737X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.850.29331170.24552730X-RAY DIFFRACTION99.96
1.85-1.880.23221180.21892733X-RAY DIFFRACTION99.96
1.88-1.910.26621410.20742719X-RAY DIFFRACTION99.97
1.91-1.950.23841250.18622711X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.980.22111450.17382748X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.020.20241550.1672660X-RAY DIFFRACTION99.96
2.02-2.060.20771470.16952723X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.110.20351130.1642735X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.150.18711120.16372732X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.210.19621290.16272731X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.270.19551390.16662740X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.330.20411340.16822721X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.410.20121240.16772727X-RAY DIFFRACTION99.96
2.41-2.50.19741490.17152710X-RAY DIFFRACTION99.97
2.5-2.60.20881520.17472731X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.710.19661570.18112699X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.860.21381490.17532725X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.040.19171480.17492761X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.270.19141650.1652685X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.60.18361560.15582754X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.120.14171330.13732746X-RAY DIFFRACTION100
4.12-5.190.13171360.12592773X-RAY DIFFRACTION100
5.19-47.920.18691680.17762824X-RAY DIFFRACTION99.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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