[日本語] English
万見
- PDB-7vh9: Solution structure of the chimeric peptide of the first SURP doma... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vh9
タイトルSolution structure of the chimeric peptide of the first SURP domain of Human SF3A1 and the interacting region of SF1.
要素Splicing factor 3A subunit 1,Splicing factor 1
キーワードSPLICING / SURP / U2 snRNP / SF3A1 / SF1
機能・相同性
機能・相同性情報


U2AF complex / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type spliceosomal complex / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition ...U2AF complex / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type spliceosomal complex / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / transcription corepressor activity / nuclear speck / ribosome / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I / KH domain-containing BBP-like / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein ...Splicing factor 1, helix-hairpin domain / : / Splicing factor 1 helix-hairpin domain / : / KHDC4/BBP-like, KH-domain type I / KH domain-containing BBP-like / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor 3A subunit 1 / Splicing factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Muto, Y. / Kuwasako, K. / Takizawa, M. / Kobayashi, N. / Sakamoto, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP15K06982 日本
The Sumitomo Foundation151227 日本
The Takeda Science Foundation 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the interaction between the first SURP domain of the SF3A1 subunit in U2 snRNP and the human splicing factor SF1.
著者: Nameki, N. / Takizawa, M. / Suzuki, T. / Tani, S. / Kobayashi, N. / Sakamoto, T. / Muto, Y. / Kuwasako, K.
履歴
登録2021年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Splicing factor 3A subunit 1,Splicing factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1331
ポリマ－12,1331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8620 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 1,Splicing factor 1 / SF3a120 / Spliceosome-associated protein 114 / SAP 114 / Mammalian branch point-binding protein / ...SF3a120 / Spliceosome-associated protein 114 / SAP 114 / Mammalian branch point-binding protein / BBP / mBBP / Transcription factor ZFM1 / Zinc finger gene in MEN1 locus / Zinc finger protein 162


分子量: 12133.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3A1, SAP114, SF1, ZFM1, ZNF162 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15459, UniProt: Q15637

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験Sample state: isotropic / タイプ: 3D 13C,15N-SEPARATED NOESY SPECTRA

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O
詳細: 20 mM sodium phosphate buffer (pH 7.0); 1mM D-DTT;0.02% NaN3 were used to keep the protein condition
Label: 13C,15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.4 mM / 構成要素: protein / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態詳細: 20 mM sodium phosphate buffer (pH 7.0); 1mM D-DTT; 0.02% NaN3
イオン強度: 20 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
MagRO-NMRViewKobayshi, N.chemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
NMRPipe2007Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOS2007Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る