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- PDB-7vgm: Crystal structure of Phenylalanine hydroxylase from Bacillus cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vgm
タイトルCrystal structure of Phenylalanine hydroxylase from Bacillus cereus ATCC 14579
要素Phenylalanine-4-hydroxylase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / phenylalanine hydroxylase (フェニルアラニンヒドロキシラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


フェニルアラニンヒドロキシラーゼ / phenylalanine 4-monooxygenase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Phenylalanine-4-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (セレウス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Park, J. / Kim, K.-J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural studies of a novel auxiliary-domain-containing phenylalanine hydroxylase from Bacillus cereus ATCC 14579.
著者: Park, J. / Hong, J. / Seok, J. / Hong, H. / Seo, H. / Kim, K.J.
履歴
登録2021年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine-4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,62818
ポリマ－65,3631
非ポリマー1,26517
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area26650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.273, 93.698, 95.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phenylalanine-4-hydroxylase


分子量: 65362.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (セレウス菌)
株: ATCC 14579 / 遺伝子: BC_4352 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q818B4, フェニルアラニンヒドロキシラーゼ

-
非ポリマー , 6種, 368分子

#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Polyethylene glycol 3,350, Sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月17日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 32319 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 2.639 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.28-2.3230.35815420.8770.2280.4271.70697.8
2.32-2.363.50.34715980.90.2110.4071.77699.4
2.36-2.413.70.31715930.9250.1890.371.77699.7
2.41-2.463.70.32116030.9150.1920.3761.86599.8
2.46-2.513.70.27116060.9520.1610.3161.94399.9
2.51-2.573.70.23815970.950.140.2771.92999.8
2.57-2.633.70.22816200.9450.1350.2661.99999.8
2.63-2.73.70.18815860.9750.110.2182.10299.7
2.7-2.783.70.18216030.9690.1070.2122.12299.6
2.78-2.873.70.16116260.9740.0950.1882.13199.8
2.87-2.983.60.13916120.9810.0820.1622.20399.4
2.98-3.093.60.12216060.9880.0710.1412.24599.6
3.09-3.243.60.11216230.9880.0650.132.44499.4
3.24-3.413.60.09916050.9870.0570.1152.64399.3
3.41-3.623.60.08616210.9890.050.12.84599.4
3.62-3.93.60.07516280.990.0440.0873.26499.4
3.9-4.293.60.07216290.9910.0420.0843.67199
4.29-4.913.60.0716450.990.0410.0824.33999
4.91-6.193.50.0716630.9890.0420.0824.198.8
6.19-503.30.07317130.9880.0460.0875.69195.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.27→33.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.383 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2409 1570 4.9 %RANDOM
Rwork0.1732 ---
obs0.1764 30701 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.48 Å2 / Biso mean: 35.878 Å2 / Biso min: 16.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--3.57 Å2-0 Å2
3----3.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→33.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4425 0 80 351 4856
Biso mean--50.31 38.49 -
残基数----571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134584
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.6396204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2741.579989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6095570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25924.279215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23615751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2541514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02968
LS精密化 シェル解像度: 2.273→2.332 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 113 -
Rwork0.243 2097 -
all-2210 -
obs--93.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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