PDB-7vge: Structure of the PDZ deleted variant of HtrA2 protease (S306A)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vge

タイトル

Structure of the PDZ deleted variant of HtrA2 protease (S306A)

要素

(Serine protease HTRA2, mitochondrial) x 3

キーワード

HYDROLASE / Serine protease / HtrA / PDZ / oligomer

機能・相同性

機能・相同性情報

HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of type 2 mitophagy / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / serine-type endopeptidase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 4 Å

データ登録者

Parui, A.L. / Mishra, V. / Bhaumik, P. / Bose, K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Inter-subunit crosstalk via PDZ synergistically governs allosteric activation of proapoptotic HtrA2.
著者: Parui, A.L. / Mishra, V. / Dutta, S. / Bhaumik, P. / Bose, K.

履歴

登録	2021年9月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vge.cif.gz	419.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vge.ent.gz	352.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vge.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vge_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vge_full_validation.pdf.gz	482.5 KB	表示
XML形式データ	7vge_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	7vge_validation.cif.gz	50.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/7vge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/7vge	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lcyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine protease HTRA2, mitochondrial

B: Serine protease HTRA2, mitochondrial

C: Serine protease HTRA2, mitochondrial

D: Serine protease HTRA2, mitochondrial

E: Serine protease HTRA2, mitochondrial

F: Serine protease HTRA2, mitochondrial

130 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine protease HTRA2, mitochondrial

B: Serine protease HTRA2, mitochondrial

C: Serine protease HTRA2, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Tail-to-tail arrangement of two trimer molecules
65 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Serine protease HTRA2, mitochondrial

E: Serine protease HTRA2, mitochondrial

F: Serine protease HTRA2, mitochondrial

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.880, 82.880, 395.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Serine protease HTRA2, mitochondrial / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine protease 25 / Serine proteinase OMI 分子量: 21668.580 Da / 分子数: 3 / 変異: S306A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase
#2: タンパク質	Serine protease HTRA2, mitochondrial / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine protease 25 / Serine proteinase OMI 分子量: 21555.422 Da / 分子数: 2 / 変異: S306A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase
#3: タンパク質	Serine protease HTRA2, mitochondrial / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine protease 25 / Serine proteinase OMI 分子量: 21408.248 Da / 分子数: 1 / 変異: S306A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.5 M Sodium acetate trihydrate pH 6.0, 2.0 M Sodium formate, 3% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年12月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4→40 Å / Num. obs: 11300 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 4.24 % / B_iso Wilson estimate: 76.05 Å² / CC_1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 4.36
反射シェル	解像度: 4→4.1 Å / 冗長度: 3.78 % / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 1441 / CC_1/2: 0.251 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LCY

1lcy

解像度: 4→39.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.866 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.754 / SU B: 189.057 / SU ML: 1.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33642	595	5 %	RANDOM
R_work	0.26511	-	-	-
obs	0.26859	11300	94.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 108.477 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 4→39.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8149	0	0	0	8149

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	8271
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.015	8089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	1.642	11271
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.186	1.572	18505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.252	5	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.144	21.316	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.941	15	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.932	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.687	6.886	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.686	6.885	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.863	10.325	5394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.863	10.326	5395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.222	7.017	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.222	7.017	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.262	10.485	5878
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.614		31038
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.614		31039
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 4→4.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.443	43	-
R_work	0.385	820	-
obs	-	-	97.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3434	-0.4161	3.4638	3.2465	-0.6361	5.1542	0.1763	0.4393	-0.1323	-0.1835	-0.0108	0.2028	0.0022	-0.0147	-0.1655	0.401	-0.0806	-0.0573	0.3734	0.0858	0.0426	-26.8139	-29.2385	17.6688
2	2.645	1.1918	-2.8111	6.9367	-3.3998	6.4913	-0.1467	-0.4146	-0.536	0.2041	0.1111	0.4584	0.289	0.0991	0.0356	0.2541	0.0303	-0.0029	0.6285	0.1194	0.2248	-24.1486	-43.3536	50.0794
3	7.5022	-1.7589	-2.771	2.9516	2.0597	3.5832	-0.1783	0.0933	-0.6541	0.1121	0.0112	-0.2124	0.3465	0.2087	0.1671	0.385	-0.0459	-0.11	0.6061	0.1486	0.1942	3.5242	-43.7064	27.847
4	5.0561	0.553	-1.7165	4.2314	-1.3105	3.1159	0.1772	0.2351	0.2773	-0.2346	-0.1775	-0.3589	0.187	0.3406	0.0003	0.4301	0.1812	-0.0794	0.6972	-0.0077	0.0833	-12.7192	-60.1879	3.3678
5	3.3356	0.1871	1.9071	3.1871	0.6425	6.9574	0.079	-0.5173	-0.0723	0.2085	0.0637	-0.0647	-0.0313	0.3912	-0.1427	0.4325	0.1895	-0.0347	0.5012	0.2165	0.3314	-16.2036	-74.6951	35.6947
6	6.5233	-3.095	0.4067	6.2863	-1.5885	3.5316	-0.1192	-0.4818	0.1561	0.5821	0.4518	0.2941	-0.2988	-0.3337	-0.3326	0.289	-0.0969	-0.0907	0.4627	0.1772	0.15	-44.0319	-57.7987	21.6345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	140 - 342
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	140 - 342
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	140 - 342
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	140 - 341
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	140 - 340
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	140 - 341

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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