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- PDB-7vge: Structure of the PDZ deleted variant of HtrA2 protease (S306A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vge
タイトルStructure of the PDZ deleted variant of HtrA2 protease (S306A)
要素(Serine protease HTRA2, mitochondrial) x 3
キーワードHYDROLASE / Serine protease / HtrA / PDZ / oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / : / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein serine/threonine kinase inhibitor activity ...HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / : / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / serine-type endopeptidase complex / adult walking behavior / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / response to herbicide / execution phase of apoptosis / : / positive regulation of execution phase of apoptosis / protein autoprocessing / ubiquitin ligase inhibitor activity / negative regulation of cell cycle / regulation of multicellular organism growth / neuron development / cellular response to interferon-beta / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / forebrain development / Mitochondrial protein degradation / serine-type peptidase activity / mitochondrion organization / mitochondrial membrane / protein catabolic process / cellular response to growth factor stimulus / mitochondrial intermembrane space / cytoplasmic side of plasma membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / unfolded protein binding / peptidase activity / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / cytoskeleton / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease HTRA2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Parui, A.L. / Mishra, V. / Bhaumik, P. / Bose, K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/HRD/NWBA/37/01/2015 インド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Inter-subunit crosstalk via PDZ synergistically governs allosteric activation of proapoptotic HtrA2.
著者: Parui, A.L. / Mishra, V. / Dutta, S. / Bhaumik, P. / Bose, K.
履歴
登録2021年9月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
B: Serine protease HTRA2, mitochondrial
C: Serine protease HTRA2, mitochondrial
D: Serine protease HTRA2, mitochondrial
E: Serine protease HTRA2, mitochondrial
F: Serine protease HTRA2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,5256
ポリマ－129,5256
非ポリマー00
水00
1
A: Serine protease HTRA2, mitochondrial
B: Serine protease HTRA2, mitochondrial
C: Serine protease HTRA2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0063
ポリマ－65,0063
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23860 Å2
手法PISA
2
D: Serine protease HTRA2, mitochondrial
E: Serine protease HTRA2, mitochondrial
F: Serine protease HTRA2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5193
ポリマ－64,5193
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.880, 82.880, 395.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Serine protease HTRA2, mitochondrial / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine protease 25 / Serine proteinase OMI


分子量: 21668.580 Da / 分子数: 3 / 変異: S306A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase
#2: タンパク質 Serine protease HTRA2, mitochondrial / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine protease 25 / Serine proteinase OMI


分子量: 21555.422 Da / 分子数: 2 / 変異: S306A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase
#3: タンパク質 Serine protease HTRA2, mitochondrial / High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine ...High temperature requirement protein A2 / HtrA2 / Omi stress-regulated endoprotease / Serine protease 25 / Serine proteinase OMI


分子量: 21408.248 Da / 分子数: 1 / 変異: S306A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.5 M Sodium acetate trihydrate pH 6.0, 2.0 M Sodium formate, 3% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年12月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→40 Å / Num. obs: 11300 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 4.24 % / Biso Wilson estimate: 76.05 Å2 / CC1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 4.36
反射 シェル解像度: 4→4.1 Å / 冗長度: 3.78 % / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 1441 / CC1/2: 0.251 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LCY

1lcy


解像度: 4→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.866 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.754 / SU B: 189.057 / SU ML: 1.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33642 595 5 %RANDOM
Rwork0.26511 ---
obs0.26859 11300 94.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 108.477 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20 Å20 Å2
2---1.03 Å2-0 Å2
3---2.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 4→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8149 0 0 0 8149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0138271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0158089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4971.64211271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1861.57218505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25251070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.14421.316418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.941151262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9321572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6876.8864346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6866.8854345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.86310.3255394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.86310.3265395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2227.0173925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2227.0173926
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.26210.4855878
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.61431038
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.61431039
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4→4.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 43 -
Rwork0.385 820 -
obs--97.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3434-0.41613.46383.2465-0.63615.15420.17630.4393-0.1323-0.1835-0.01080.20280.0022-0.0147-0.16550.401-0.0806-0.05730.37340.08580.0426-26.8139-29.238517.6688
22.6451.1918-2.81116.9367-3.39986.4913-0.1467-0.4146-0.5360.20410.11110.45840.2890.09910.03560.25410.0303-0.00290.62850.11940.2248-24.1486-43.353650.0794
37.5022-1.7589-2.7712.95162.05973.5832-0.17830.0933-0.65410.11210.0112-0.21240.34650.20870.16710.385-0.0459-0.110.60610.14860.19423.5242-43.706427.847
45.05610.553-1.71654.2314-1.31053.11590.17720.23510.2773-0.2346-0.1775-0.35890.1870.34060.00030.43010.1812-0.07940.6972-0.00770.0833-12.7192-60.18793.3678
53.33560.18711.90713.18710.64256.95740.079-0.5173-0.07230.20850.0637-0.0647-0.03130.3912-0.14270.43250.1895-0.03470.50120.21650.3314-16.2036-74.695135.6947
66.5233-3.0950.40676.2863-1.58853.5316-0.1192-0.48180.15610.58210.45180.2941-0.2988-0.3337-0.33260.289-0.0969-0.09070.46270.17720.15-44.0319-57.798721.6345
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A140 - 342
2X-RAY DIFFRACTION2B140 - 342
3X-RAY DIFFRACTION3C140 - 342
4X-RAY DIFFRACTION4D140 - 341
5X-RAY DIFFRACTION5E140 - 340
6X-RAY DIFFRACTION6F140 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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