[日本語] English
万見
- PDB-7vf5: Human m6A-METTL associated complex (WTAP, VIRMA, and HAKAI) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vf5
タイトルHuman m6A-METTL associated complex (WTAP, VIRMA, and HAKAI)
要素
  • Pre-mRNA-splicing regulator WTAP
  • Protein virilizer homolog
キーワードRNA BINDING PROTEIN / m6A-METTL associated complex / cryo-EM / WTAP / Virma.
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / mRNA modification / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA splicing / mRNA processing / nuclear membrane / nuclear speck / nuclear body / RNA binding ...RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / mRNA modification / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA splicing / mRNA processing / nuclear membrane / nuclear speck / nuclear body / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein virilizer / Virilizer, N-terminal / Virilizer, N-terminal / Pre-mRNA-splicing regulator WTAP / WTAP/Mum2p family / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing regulator WTAP / Protein virilizer homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Su, S. / Li, S. / Deng, T. / Gao, M. / Yin, Y. / Wu, B. / Peng, C. / Liu, J. / Ma, J. / Zhang, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31971130 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of human mA writer complexes.
著者: Shichen Su / Shanshan Li / Ting Deng / Minsong Gao / Yue Yin / Baixing Wu / Chao Peng / Jianzhao Liu / Jinbiao Ma / Kaiming Zhang /
要旨: N-methyladenosine (mA) is the most abundant ribonucleotide modification among eukaryotic messenger RNAs. The mA "writer" consists of the catalytic subunit mA-METTL complex (MAC) and the regulatory ...N-methyladenosine (mA) is the most abundant ribonucleotide modification among eukaryotic messenger RNAs. The mA "writer" consists of the catalytic subunit mA-METTL complex (MAC) and the regulatory subunit mA-METTL-associated complex (MACOM), the latter being essential for enzymatic activity. Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of MACOM at a 3.0-Å resolution, uncovering that WTAP and VIRMA form the core structure of MACOM and that ZC3H13 stretches the conformation by binding VIRMA. Furthermore, the 4.4-Å resolution cryo-EM map of the MACOM-MAC complex, combined with crosslinking mass spectrometry and GST pull-down analysis, elucidates a plausible model of the mA writer complex, in which MACOM binds to MAC mainly through WTAP and METTL3 interactions. In combination with in vitro RNA substrate binding and mA methyltransferase activity assays, our results illustrate the molecular basis of how MACOM assembles and interacts with MAC to form an active mA writer complex.
履歴
登録2021年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月14日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月14日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月14日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年9月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein virilizer homolog
C: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP
D: Pre-mRNA-splicing regulator WTAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,8323
ポリマ－290,8323
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area20240 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area67320 Å2

-
要素

#1: タンパク質 Protein virilizer homolog


分子量: 202244.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIRMA, KIAA1429, MSTP054 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q69YN4
#2: タンパク質 Pre-mRNA-splicing regulator WTAP / Female-lethal(2)D homolog / hFL(2)D / WT1-associated protein / Wilms tumor 1-associating protein


分子量: 44293.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WTAP, KIAA0105 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15007
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human m6A-METTL associated complex(HWV) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.9画像取得
8PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 282821 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00312494
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59416886
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4391644
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041991
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042173

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る