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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vf2 | ||||||
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タイトル | Human m6A-METTL associated complex (WTAP, VIRMA, ZC3H13, and HAKAI) | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / m6A-METTL associated complex / cryo-EM / WTAP / Virma. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of stem cell population maintenance / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / mRNA alternative polyadenylation / : / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA splicing / mRNA processing / nuclear membrane / nuclear body ...regulation of stem cell population maintenance / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / mRNA alternative polyadenylation / : / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA splicing / mRNA processing / nuclear membrane / nuclear body / nuclear speck / cell cycle / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Su, S. / Li, S. / Deng, T. / Gao, M. / Yin, Y. / Wu, B. / Peng, C. / Liu, J. / Ma, J. / Zhang, K. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of human mA writer complexes. 著者: Shichen Su / Shanshan Li / Ting Deng / Minsong Gao / Yue Yin / Baixing Wu / Chao Peng / Jianzhao Liu / Jinbiao Ma / Kaiming Zhang / 要旨: N-methyladenosine (mA) is the most abundant ribonucleotide modification among eukaryotic messenger RNAs. The mA "writer" consists of the catalytic subunit mA-METTL complex (MAC) and the regulatory ...N-methyladenosine (mA) is the most abundant ribonucleotide modification among eukaryotic messenger RNAs. The mA "writer" consists of the catalytic subunit mA-METTL complex (MAC) and the regulatory subunit mA-METTL-associated complex (MACOM), the latter being essential for enzymatic activity. Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of MACOM at a 3.0-Å resolution, uncovering that WTAP and VIRMA form the core structure of MACOM and that ZC3H13 stretches the conformation by binding VIRMA. Furthermore, the 4.4-Å resolution cryo-EM map of the MACOM-MAC complex, combined with crosslinking mass spectrometry and GST pull-down analysis, elucidates a plausible model of the mA writer complex, in which MACOM binds to MAC mainly through WTAP and METTL3 interactions. In combination with in vitro RNA substrate binding and mA methyltransferase activity assays, our results illustrate the molecular basis of how MACOM assembles and interacts with MAC to form an active mA writer complex. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vf2.cif.gz | 333.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vf2.ent.gz | 251.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vf2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vf2_validation.pdf.gz | 886.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vf2_full_validation.pdf.gz | 908.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7vf2_validation.xml.gz | 49.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vf2_validation.cif.gz | 74.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/7vf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/7vf2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 202244.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIRMA, KIAA1429, MSTP054 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q69YN4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 64277.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZC3H13, KIAA0853 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5T200 |
#3: タンパク質 | 分子量: 44293.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WTAP, KIAA0105 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q15007 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human m6A-METTL associated complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.3 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 56 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 395916 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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