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万見
- PDB-7vex: Crystal Structure of GTP-bound Irgb6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vex
タイトルCrystal Structure of GTP-bound Irgb6
要素T-cell-specific guanine nucleotide triphosphate-binding protein 2
キーワードHYDROLASE / Irgb6 / IRGs / immunity-related GTPase / (IFN)-inducible GTPase / p47 GTPase / tgtp / dynamin superfamily / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to protozoan / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / innate immune response / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunity-related GTPases-like / : / Interferon-inducible GTPase (IIGP) / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / IRG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / T-cell-specific guanine nucleotide triphosphate-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Saijo-Hamano, Y. / Sakai, N. / Nitta, R.
資金援助 日本, 12件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20fk0108137 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20wm0325010 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20jm0210067 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101108 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20gm0810013 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K06988 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20B304 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04809 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H00970 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H03396 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101070 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JPMJMS2024 日本
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2022
タイトル: Structural basis of membrane recognition of Toxoplasma gondii vacuole by Irgb6.
著者: Saijo-Hamano, Y. / Sherif, A.A. / Pradipta, A. / Sasai, M. / Sakai, N. / Sakihama, Y. / Yamamoto, M. / Standley, D.M. / Nitta, R.
履歴
登録2021年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell-specific guanine nucleotide triphosphate-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8542
ポリマ－47,3311
非ポリマー5231
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area20290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.618, 75.743, 80.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 T-cell-specific guanine nucleotide triphosphate-binding protein 2 / Interferon-gamma-inducible GTPase Ifggb6 protein / T-cell-specific guanine nucleotide triphosphate- ...Interferon-gamma-inducible GTPase Ifggb6 protein / T-cell-specific guanine nucleotide triphosphate-binding protein


分子量: 47330.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tgtp2, Ifggb6, Irgb6, Mg21, Tgtp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3T9E4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium Citrate, Polyethylene Glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→43.29 Å / Num. obs: 129901 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.99 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.07
反射 シェル解像度: 1.51→1.6 Å / Num. unique obs: 20925 / CC1/2: 0.524

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TQD, 1TPZ, 1TQ2

1tqd

1tpz

1tq2


解像度: 1.51→43.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.194 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19687 1997 2.9 %RANDOM
Rwork0.14686 ---
obs0.14831 65855 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.227 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.8 Å2-0 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.51→43.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3304 0 32 303 3639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7681.6454661
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4681.587461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6735414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14323.964169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0115602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3221511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2453
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02761
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.6833.141650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.6563.1371649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.994.7062060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.9894.7092061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7273.6581786
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.7273.6581784
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.055.2672600
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.11537.8563955
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.03337.4633878
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.46836658
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.51→1.55 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.458 142 -
Rwork0.477 4817 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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