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万見
- PDB-7vep: Crystal structure and biophysical characterization of TPR domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vep
タイトルCrystal structure and biophysical characterization of TPR domain of EccA5 from ESX-5 pathway of Mycobacterium tuberculosis H37RVR
要素ESX-5 secretion system protein EccA5
キーワードHYDROLASE / EccA5 / AAA+ATPase / TPR domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system AAA-ATPase, EccA / CbxX/CfxQ / CbbX, AAA lid domain / AAA lid domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX-5 secretion system protein EccA5
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Ramachandran, R. / Sharma, V.K. / Vishwakarma, J.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure and biophysical characterization of TPR domain of EccA5 from ESX-5 pathway of Mycobacterium tuberculosis H37RVR
著者: Ramachandran, R. / Sharma, V.K. / Vishwakarma, J.
履歴
登録2021年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-5 secretion system protein EccA5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4036
ポリマ－30,9311
非ポリマー4725
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Small Angle X-ray Scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area640 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13900 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)57.236, 65.645, 98.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ESX-5 secretion system protein EccA5 / ESX conserved component A5 / Type VII secretion system protein EccA5 / T7SS protein EccA5


分子量: 30931.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: eccA5, Rv1798, MTV049.20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P9WPI1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 % / 解説: 3D rod shaped crystals
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Lithium sulfate, sodium citrate 5.6, Ammonium sulfate, glycerol as additive

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→43.14 Å / Num. obs: 20585 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 1.03 / Net I/av σ(I): 13.4 / Net I/σ(I): 2.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1717 / CC1/2: 0.715 / Rpim(I) all: 0.474 / Rrim(I) all: 0.793 / Χ2: 1.02 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless7.0.072データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS0.7データ削減
PHENIX2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→39.319 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 993 4.84 %
Rwork0.1861 19543 -
obs0.1877 20536 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.35 Å2 / Biso mean: 34.0412 Å2 / Biso min: 15.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→39.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2106 0 43 150 2299
Biso mean--52.69 40.9 -
残基数----274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.15-2.26330.27291260.2332270298
2.2633-2.40510.28791400.2195274899
2.4051-2.59080.23621280.2276499
2.5908-2.85150.24361330.1986277699
2.8515-3.26390.25111470.1935279099
3.2639-4.11150.18951550.1587282299
4.1115-39.30.18181640.17672941100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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