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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7veo
タイトルCrystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase silkworm JHAMT isoform3 complex with S-Adenosyl-L-homocysteine
要素Methyltranfer_dom domain-containing protein
キーワードHORMONE / juvenile hormone / methyltransferase / insects
機能・相同性Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltranfer_dom domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Guo, P.C. / Zhang, Y.S. / Zhang, l. / Xu, H.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970468 中国
引用ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / : 2022
タイトル: Structural characterization and functional analysis of juvenile hormone acid methyltransferase JHAMT3 from the silkworm, Bombyx mori.
著者: Zhang, L. / Xu, H. / Zhang, Y. / Zhang, H. / Wang, Z. / Guo, P. / Zhao, P.
履歴
登録2021年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltranfer_dom domain-containing protein
B: Methyltranfer_dom domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7293
ポリマ-67,3452
非ポリマー3841
1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.150, 69.170, 57.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methyltranfer_dom domain-containing protein / juvenile hormone acid methyltransferase like protein


分子量: 33672.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9JLJ1
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15M DL-malic acid pH 7.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→56.956 Å / Num. obs: 18812 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.53→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.856 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1399 / Rpim(I) all: 0.524

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7V2S
解像度: 2.53→56.956 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.259 / WRfactor Rwork: 0.207 / Average fsc free: 0.8789 / Average fsc work: 0.9 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.014 / ESU R Free: 0.305 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 904 4.806 %
Rwork0.192 17907 -
all0.195 --
obs-18811 96.314 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 74.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.015 Å2-0 Å20 Å2
2---0.041 Å2-0 Å2
3---0.053 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→56.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4188 0 26 6 4220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0134312
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0174118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.6435802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2611.5899525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5755508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.27723.894226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.13415818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4921516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02986
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2210.23665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.21997
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0690.21990
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1930.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2350.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4017.4112041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.3877.4112040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.79711.1242546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.79811.1242547
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6618.0972271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.668.0962271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.12311.833256
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.12111.8293256
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.81785.1934651
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.81685.1924652
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.53-2.5960.336550.31913400.3214310.7620.79497.48430.305
2.596-2.6670.372550.31912980.32114010.790.79796.57390.306
2.667-2.7440.316710.29112420.29213640.8090.83396.2610.263
2.744-2.8280.329610.27812010.2813150.8180.85795.96960.25
2.828-2.920.312570.24610890.24912800.8420.88889.53120.223
2.92-3.0230.326590.22511410.22912270.8420.89997.79950.207
3.023-3.1360.333460.21611160.2211920.8620.90597.48320.207
3.136-3.2640.241550.20210850.20411580.9160.93198.44560.196
3.264-3.4090.249580.19510300.19811020.9140.94398.72960.194
3.409-3.5740.214500.19410100.19510760.9250.93798.5130.195
3.574-3.7670.295520.1989120.2049890.9020.92897.47220.205
3.767-3.9940.23500.1868720.1899530.9150.93196.74710.201
3.994-4.2690.253390.1817540.1858930.9350.9488.80180.202
4.269-4.6090.2360.1517860.1538410.9440.9697.74080.178
4.609-5.0450.204390.1517260.1547740.9480.96398.83720.181
5.045-5.6350.168360.1636600.1637080.9630.96498.30510.203
5.635-6.4960.285300.1785740.1846220.940.94497.10610.213
6.496-7.930.216200.1714760.1735280.9470.95493.93940.213
7.93-11.1080.127190.1483660.1474210.9850.97391.44890.177
11.108-56.9560.328160.2552290.262530.8960.92996.83790.315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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