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- PDB-7ve5: C-terminal domain of VraR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ve5
タイトルC-terminal domain of VraR
要素
  • (R1-DNA) x 2
  • DNA-binding response regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / two-component system / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kumar, J.V. / Chen, C. / Hsu, C.H.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2628-B-002 -049 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2113-M-002 -023 台湾
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structural insights into DNA binding domain of vancomycin-resistance-associated response regulator in complex with its promoter DNA from Staphylococcus aureus.
著者: Kumar, J.V. / Tseng, T.S. / Lou, Y.C. / Wei, S.Y. / Wu, T.H. / Tang, H.C. / Chiu, Y.C. / Hsu, C.H. / Chen, C.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator
B: DNA-binding response regulator
C: R1-DNA
D: R1-DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,33010
ポリマ－30,1844
非ポリマー1466
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area12280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.349, 60.349, 171.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 143 - 208 / Label seq-ID: 6 - 71

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding response regulator


分子量: 8342.708 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: BSZ10_05280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q8DEZ3
#2: DNA鎖 R1-DNA


分子量: 6767.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
#3: DNA鎖 R1-DNA


分子量: 6731.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.55 %
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 100 mM Sodium cacodylate pH 6.6, 10% PEG 1500 (w/v), 5% PEG 400 (w/v), 200 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→22.31 Å / Num. obs: 14143 / % possible obs: 89.21 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 22.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.29
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Num. unique obs: 1129

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IF4

4if4


解像度: 2→22.31 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2549 1403 9.92 %
Rwork0.1945 12736 -
obs0.2005 14139 89.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.07 Å2 / Biso mean: 23.1727 Å2 / Biso min: 10.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→22.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1064 779 6 135 1984
Biso mean--23.84 24.45 -
残基数----170
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A394X-RAY DIFFRACTION0.887TORSIONAL
12B394X-RAY DIFFRACTION0.887TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.070.30461060.21051023112971
2.07-2.150.30051270.19661139126680
2.15-2.250.30061360.19451217135386
2.25-2.370.28781340.2091281141590
2.37-2.510.30331500.20831323147393
2.51-2.710.30011500.22341358150895
2.71-2.980.27751470.21181352149996
2.98-3.410.25251490.19311344149394
3.41-4.290.22881520.17131326147893
4.29-22.310.20161520.18621373152596

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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