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- PDB-7ve0: Crystal Structure of Ritonavir bound Plasmepsin II (PMII) from Pl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ve0
タイトルCrystal Structure of Ritonavir bound Plasmepsin II (PMII) from Plasmodium falciparum
要素Plasmepsin II
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Protease / Peptidomimetic / HIV-1 protease inhibitor / peptidase / hemoglobin degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II antigen presentation / hemoglobin catabolic process / cytostome / plasmepsin II / Neutrophil degranulation / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RITONAVIR / RITONAVIR / Plasmepsin II
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mishra, V. / Rathore, I. / Bhaumik, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)Ramalingaswami Re-entry Fellowship インド
引用
ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Inhibition of Plasmodium falciparum plasmepsins by drugs targeting HIV-1 protease: A way forward for antimalarial drug discovery.
著者: Mishra, V. / Deshmukh, A. / Rathore, I. / Chakraborty, S. / Patankar, S. / Gustchina, A. / Wlodawer, A. / Yada, R.Y. / Bhaumik, P.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Molecular insights into the inhibition of plasmepsins by HIV-1 protease inhibitors: Implications for antimalarial drug discovery.
著者: Mishra, V. / Rathore, I. / Bhaumik, P.
履歴
登録2021年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmepsin II
B: Plasmepsin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,01721
ポリマ－74,2282
非ポリマー10,78919
水6,575365
1
A: Plasmepsin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,20110
ポリマ－37,1141
非ポリマー5,0879
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA
2
B: Plasmepsin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,81611
ポリマ－37,1141
非ポリマー5,70210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.290, 70.410, 106.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Plasmepsin II


分子量: 37113.926 Da / 分子数: 2 / 変異: H320Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1408000 / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8I6V3, plasmepsin II
#2: 化合物 ChemComp-RIT / RITONAVIR / A-84538 / リトナビル


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 720.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H48N6O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: RITONAVIR / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.5 M sodium formate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→39.89 Å / Num. obs: 61329 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.89 % / Biso Wilson estimate: 41.24 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.16
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.73 % / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 8741 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YIC

5yic


解像度: 1.9→39.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 11.327 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26126 3067 5 %RANDOM
Rwork0.22225 ---
obs0.22448 58262 96.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å20 Å21.21 Å2
2---5.03 Å2-0 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5189 0 567 365 6121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0136072
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.6728391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.081.60313342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5025674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68225.175257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.62915885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.774156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4051.6472654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4051.6472653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7222.4683324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7222.4683325
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5862.4893418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5862.493419
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.9853.7685062
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.67625.7876400
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.65925.1446329
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 221 -
Rwork0.356 4206 -
obs--95.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1036-1.619715.06616.596-5.122730.8103-0.12-0.2285-0.1685-0.05050.13960.1665-0.1689-0.7154-0.01960.1845-0.0379-0.12660.4468-0.09360.175616.661812.91223.1268
21.55-0.9581-0.53911.59180.11052.71550.06050.1297-0.0521-0.542-0.08550.16310.1677-0.1950.02510.44880.0094-0.2110.5138-0.01740.128926.183918.3592-3.8187
30.82-0.3724-0.00061.4977-1.32524.44390.0212-0.09140.07230.08690.06470.1075-0.4656-0.3507-0.08590.18870.0148-0.11720.4373-0.00960.132923.057226.225623.2797
42.9998-0.2761.24661.8646-1.23376.27140.1881-0.1516-0.1784-0.2712-0.06810.17430.3055-0.4346-0.120.16980.0321-0.14460.4047-0.03720.128219.728222.738113.688
57.46250.07010.49315.91090.44193.627-0.0860.6487-0.4945-0.33480.1183-0.80560.23560.4048-0.03230.19010.035-0.02630.4794-0.08770.3273.5671-22.530422.132
63.01420.2661.03482.5889-0.76971.2666-0.17480.52040.0284-0.21540.0676-0.63480.04210.2050.10720.1150.0033-0.07510.5514-0.01890.33852.4341-12.981427.0853
73.92941.39990.29721.677-0.25941.1968-0.17590.47930.4224-0.19010.08140.115-0.06230.04610.09440.15350.0101-0.14080.48440.02420.1678-23.3307-11.034623.4112
86.60691.5221-1.09482.06690.11423.1812-0.12310.5613-0.0687-0.32850.0609-0.27690.1586-0.03070.06210.19760.0154-0.07650.46640.05080.1836-12.2506-11.026321.1088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2A18 - 196
3X-RAY DIFFRACTION3A197 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4A278 - 331
5X-RAY DIFFRACTION5B4 - 34
6X-RAY DIFFRACTION6B35 - 218
7X-RAY DIFFRACTION7B219 - 277
8X-RAY DIFFRACTION8B278 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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