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- PDB-7vcm: crystal structure of GINKO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vcm
タイトルcrystal structure of GINKO1
要素Green fluorescent protein,Potassium binding protein Kbp,Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Green Fluorescent Protein / Genetically Encoded Biosensor / Potassium binding domain protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to potassium ion / potassium ion binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transport-associated and nodulation domain, bacteria / bacterial OsmY and nodulation domain / BON domain profile. / BON domain / BON domain / : / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. ...Transport-associated and nodulation domain, bacteria / bacterial OsmY and nodulation domain / BON domain profile. / BON domain / BON domain / : / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Potassium binding protein Kbp / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wen, Y. / Campbell, R.E. / Lemieux, M.J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FS-154310 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)No. 31870132 and No. 82072237 中国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2022
タイトル: A sensitive and specific genetically-encoded potassium ion biosensor for in vivo applications across the tree of life.
著者: Wu, S.Y. / Wen, Y. / Serre, N.B.C. / Laursen, C.C.H. / Dietz, A.G. / Taylor, B.R. / Drobizhev, M. / Molina, R.S. / Aggarwal, A. / Rancic, V. / Becker, M. / Ballanyi, K. / Podgorski, K. / ...著者: Wu, S.Y. / Wen, Y. / Serre, N.B.C. / Laursen, C.C.H. / Dietz, A.G. / Taylor, B.R. / Drobizhev, M. / Molina, R.S. / Aggarwal, A. / Rancic, V. / Becker, M. / Ballanyi, K. / Podgorski, K. / Hirase, H. / Nedergaard, M. / Fendrych, M. / Lemieux, M.J. / Eberl, D.F. / Kay, A.R. / Campbell, R.E. / Shen, Y.
履歴
登録2021年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein,Potassium binding protein Kbp,Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein,Potassium binding protein Kbp,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1054
ポリマ－86,0272
非ポリマー782
水16,069892
1
A: Green fluorescent protein,Potassium binding protein Kbp,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0532
ポリマ－43,0141
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
2
B: Green fluorescent protein,Potassium binding protein Kbp,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0532
ポリマ－43,0141
非ポリマー391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area17570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.827, 49.319, 83.683
Angle α, β, γ (deg.)89.960, 89.970, 80.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein,Potassium binding protein Kbp,Green fluorescent protein / K(+) binding protein Kbp


分子量: 43013.516 Da / 分子数: 2 / 変異: F65L,V94I,M304K,V313A,S325G,D330Y,T353V,A356K,H381L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: GFP, kbp / 株: K-12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: P0ADE6
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 892 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→42.107 Å / Num. obs: 56403 / % possible obs: 93.53 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Num. unique obs: 5152 / CC1/2: 0.591

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GEL, 5FIM

6gel

5fim
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.85→42.08 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 --
Rwork0.1947 --
obs-56403 93.53 %
原子変位パラメータBiso max: 97 Å2 / Biso mean: 25.5433 Å2 / Biso min: 4.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5809 0 2 892 6703

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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