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- PDB-7vch: Crystal structure of Neisseria meningitidis EarP bound TDP-L-Rhamnose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vch
タイトルCrystal structure of Neisseria meningitidis EarP bound TDP-L-Rhamnose
要素Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP
キーワードTRANSFERASE / EarP / TDPR / Neisseria meningitidis
機能・相同性protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Protein-arginine rhamnosyltransferase EarP / Elongation-Factor P (EF-P) rhamnosyltransferase EarP / translation elongation factor activity / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / Protein-arginine rhamnosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Yoo, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Neisseria meningitidis EarP bound TDP-L-Rhamnose
著者: Yoo, Y.
履歴
登録2021年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP
F: Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7259
ポリマ－88,1482
非ポリマー1,5777
水00
1
A: Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9105
ポリマ－44,0741
非ポリマー8374
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8144
ポリマ－44,0741
非ポリマー7403
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.407, 124.402, 127.647
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor P maturation arginine rhamnosyltransferase EarP / Uncharacterized protein conserved in bacteria


分子量: 44073.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: earP, CNQ34_12095, ERS040961_00525, ERS514851_01386, H7969_05560, JY21_02145, NMA510612_1261
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: X5EQ00
#2: 化合物 ChemComp-TRH / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / dTDP-L-ラムノ-ス


分子量: 548.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium cacodylate pH6.5, 1.26M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→44.55 Å / Num. obs: 18268 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 76.08 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1128 / Net I/σ(I): 12.26
反射 シェル解像度: 2.85→2.952 Å / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 1798 / CC1/2: 0.642

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→44.55 Å / SU ML: 0.4995 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.4198
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3091 1517 4.52 %
Rwork0.2254 32061 -
obs0.2291 18259 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→44.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6122 0 95 0 6217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00986408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28058740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3072912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00661118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.40642314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.940.34871470.32852935X-RAY DIFFRACTION99.77
2.94-3.050.40381300.33092932X-RAY DIFFRACTION99.8
3.05-3.170.41261450.31162987X-RAY DIFFRACTION99.33
3.17-3.310.35621320.29092904X-RAY DIFFRACTION99.12
3.31-3.490.35471410.25372913X-RAY DIFFRACTION98.58
3.49-3.710.5031200.26462877X-RAY DIFFRACTION96.93
3.71-3.990.32921440.23152940X-RAY DIFFRACTION99.07
3.99-4.390.29411370.20732873X-RAY DIFFRACTION98.05
4.39-5.030.30941390.18332881X-RAY DIFFRACTION98.08
5.03-6.330.2361440.21382931X-RAY DIFFRACTION98.78
6.33-44.550.23131380.17912888X-RAY DIFFRACTION97.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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