PDB-7vc9: Tom20 subunits

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vc9

タイトル

Tom20 subunits

要素

Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog

キーワード

TRANSLOCASE / Tom20 / Cryo-EM

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA import into mitochondrion / TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / migrasome / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / protein import into mitochondrial matrix / protein-transporting ATPase activity / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13 Å

データ登録者

Liu, D.S. / Sui, S.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tom20 subunits
著者: Liu, D.S. / Sui, S.F.

履歴

登録	2021年9月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vc9.cif.gz	70.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vc9.ent.gz	52.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vc9_validation.pdf.gz	714.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vc9_full_validation.pdf.gz	716.5 KB	表示
XML形式データ	7vc9_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	7vc9_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vc9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	31889MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

M: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog

N: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog

32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / Mitochondrial 20 kDa outer membrane protein / Outer mitochondrial membrane receptor Tom20 分子量: 16319.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM20, KIAA0016 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15388

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: The translocase of the outer mitochondrial membrane of Tom20 subunit タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embedding	Material: Digitonin
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 347600 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.008	1438
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.371	1956
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	9.291	186
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.061	236
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.011	260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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