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- PDB-7vby: Tom core complex with Tom20 and Tom22 subunits. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vby
タイトルTom core complex with Tom20 and Tom22 subunits.
要素
  • (Mitochondrial import receptor subunit ...) x 4
  • Translocase of the Outer Membrane
キーワードTRANSLOCASE / Tom complex / Tom20 / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / : / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity ...TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / : / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / regulation of protein stability / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import receptor subunit TOM5, metazoa / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homologue / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / UNDECANE / Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Liu, D.S. / Sui, S.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tom core complex with Tom20 and Tom22 subunits.
著者: Liu, D.S. / Sui, S.F.
履歴
登録2021年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Translocase of the Outer Membrane
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
D: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
F: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
G: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
E: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
I: Translocase of the Outer Membrane
H: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
J: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,25033
ポリマ－251,68310
非ポリマー10,56723
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, gel filtration, gel filtration, gel filtration, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area35800 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area55520 Å2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BI

#1: タンパク質 Translocase of the Outer Membrane


分子量: 89999.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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Mitochondrial import receptor subunit ... , 4種, 8分子 AFDEGJHC

#2: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Overexpressed breast tumor protein / Translocase of outer membrane 6 kDa subunit homolog


分子量: 8007.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM6, OBTP, TOM6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96B49
#3: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog


分子量: 6045.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM5, C9orf105, TOM5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N4H5
#4: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / Translocase of outer membrane 7 kDa subunit homolog


分子量: 6256.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM7, TOM7, TOMM07, AD-014 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0U1
#5: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / hTom22 / 1C9-2 / Translocase of outer membrane 22 kDa subunit homolog


分子量: 15532.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM22, TOM22 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NS69

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非ポリマー , 2種, 23分子

#6: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物
ChemComp-UND / UNDECANE / LIPID FRAGMENT / ウンデカン


分子量: 156.308 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tox complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embeddingMaterial: DIG
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 288736 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058494
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59311403
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d25.0811655
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041257
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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