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- PDB-7vbf: 1.3 Angstrom Resolution Crystal Structure of SARS-CoV-2 Nucleocap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vbf
タイトル1.3 Angstrom Resolution Crystal Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, pH 8.5
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Nucleocapsid dimerization domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / RNA stem-loop binding / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Coronavirus nucleocapsid
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Zhou, X.L. / Zhong, F.L. / Li, J. / Zhang, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.3 Angstrom Resolution Crystal Structure of SARS-CoV-2 Nucleocapsid dimerization domain, pH 8.5
著者: Zhou, X.L. / Zhong, F.L. / Li, J. / Zhang, J.
履歴
登録2021年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6002
ポリマ－26,6002
非ポリマー00
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.710, 65.130, 84.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 13299.925 Da / 分子数: 2 / 断片: dimerization domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→18.18 Å / Num. obs: 112547 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 14.7732563873 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.549 / Num. unique obs: 59926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6wji

6wji


解像度: 1.3→18.1470797751 Å / SU ML: 0.117028392159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35007904007 / 位相誤差: 19.5653290504
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203905612905 3727 3.31150541552 %
Rwork0.184986097528 108820 -
obs0.185605509437 112547 97.619088922 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.1820368238 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→18.1470797751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 0 189 2011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005439251061141874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8391267171332532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0876800531223256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00673305646938334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0338207036696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.31650.2883950258321030.2755770978263042X-RAY DIFFRACTION73.429838898
1.3165-1.33380.2937055252451100.270457830973380X-RAY DIFFRACTION81.7330210773
1.3338-1.3520.2604213885811240.2604213885813665X-RAY DIFFRACTION88.6315789474
1.352-1.37130.271580122921290.2465057112833908X-RAY DIFFRACTION94.809769845
1.3713-1.39180.2188341103881394072X-RAY DIFFRACTION98.2730455076
1.3918-1.41350.2483315022761420.2140379125194140X-RAY DIFFRACTION99.8600746269
1.4135-1.43670.2556202738611360.2119270918524073X-RAY DIFFRACTION99.881347888
1.4367-1.46150.2093566906161420.1986116342254168X-RAY DIFFRACTION99.9536178108
1.4615-1.4880.2018174765041420.1947949630974106X-RAY DIFFRACTION99.9529411765
1.488-1.51660.2274521325521420.1932214882694168X-RAY DIFFRACTION100
1.5166-1.54760.1974479574061400.1805192306734081X-RAY DIFFRACTION99.8580553584
1.5476-1.58120.2162052940041410.1836128418044151X-RAY DIFFRACTION99.9301513388
1.5812-1.6180.1954478541241460.1754444992444109X-RAY DIFFRACTION100
1.618-1.65840.2012633119171380.1826094155914091X-RAY DIFFRACTION100
1.6584-1.70320.1981248462371460.183363781754195X-RAY DIFFRACTION100
1.7032-1.75330.2012226736061450.1872907023274126X-RAY DIFFRACTION99.9531944769
1.7533-1.80980.1886640690731420.1854076732474093X-RAY DIFFRACTION99.9292118924
1.8098-1.87450.2061448515071460.1807804388164129X-RAY DIFFRACTION100
1.8745-1.94940.1673994830431414121X-RAY DIFFRACTION99.9062353493
1.9494-2.0380.1860977874351410.1829435485324117X-RAY DIFFRACTION100
2.038-2.14530.2179825759631480.1791471088854110X-RAY DIFFRACTION99.9061473487
2.1453-2.27950.1836388205191390.1808791533174142X-RAY DIFFRACTION99.953303759
2.2795-2.45510.2194412520961450.1923168777554134X-RAY DIFFRACTION100
2.4551-2.70150.208297330211410.1986906070694123X-RAY DIFFRACTION100
2.7015-3.09070.2510638044751440.1887911459654107X-RAY DIFFRACTION100
3.0907-3.88770.1639806944221400.1761511149154129X-RAY DIFFRACTION100
3.8877-18.140.1957190346641350.1625801731654140X-RAY DIFFRACTION99.8831775701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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