PDB-7vbd: Crystal structure of SARS-Cov-2 nucleocapsid N-terminal domain (N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vbd

タイトル

Crystal structure of SARS-Cov-2 nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein,pH8.0

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS-Cov-2 / nucleocapsid

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / intracellular non-membrane-bounded organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Zeng, P. / Zhou, X.L. / Zhong, F.L. / Li, J. / Zhang, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SARS-Cov-2 nucleocapsid N-terminal domain (NTD) protein,pH8.0
著者: Zeng, P. / Zhou, X.L. / Zhong, F.L. / Li, J. / Zhang, J.

履歴

登録	2021年8月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vbd.cif.gz	129.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vbd.ent.gz	80.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vbd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vbd_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vbd_full_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示
XML形式データ	7vbd_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	7vbd_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/7vbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/7vbd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cdzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

55.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Nucleoprotein

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.977, 55.133, 84.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.058, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 13986.596 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.29 % 解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: pH 8.0, 0.05M Tris,38% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→28.54 Å / Num. obs: 76395 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.4161331912 Å² / R_merge(I) obs: 0.33 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.94→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.483 / Num. unique obs: 38898

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CDZ

7cdz

解像度: 1.94→28.52 Å / SU ML: 0.280044095781 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33598437877 / 位相誤差: 28.7824533846
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26233053435	3823	5.00425420512 %
R_work	0.222643487195	72572	-
obs	0.224596537125	76395	97.6069402566 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.0202524116 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→28.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3556	0	0	271	3827

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067457838651	3661
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.787224037583	5008
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0518571825003	531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00661724398917	662
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.46044454725	2108

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.9653	0.38738857551	145	0.347949003776	2690	X-RAY DIFFRACTION	94.7210157033
1.9653-1.9912	0.31500298441	141	0.2786622428	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.1561181435
1.9912-2.0184	0.313725715483	148	0.263681121734	2787	X-RAY DIFFRACTION	98.9881956155
2.0184-2.0473	0.348117238819	137	0.250674906064	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.4407549808
2.0473-2.0778	0.337591914594	140	0.27227450523	2653	X-RAY DIFFRACTION	98.5532815808
2.0778-2.1103	0.336605975612	147	0.255662321179	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.3925075937
2.1103-2.1448	0.291243134897	146	0.242152532066	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.5094604064
2.1448-2.1818	0.255890973144	149	0.233035888652	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.2147490611
2.1818-2.2215	0.330807994883	139	0.251738420988	2682	X-RAY DIFFRACTION	98.5674353599
2.2215-2.2642	0.424858606594	98	0.351951208649	2027	X-RAY DIFFRACTION	72.9238160604
2.2642-2.3104	0.327602364774	149	0.260674108508	2710	X-RAY DIFFRACTION	98.3149931224
2.3104-2.3606	0.295271466307	142	0.247966158	2735	X-RAY DIFFRACTION	98.3253588517
2.3606-2.4155	0.339428246583	136	0.245944378938	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.0411931818
2.4155-2.4759	0.338749791462	144	0.247277935469	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.4182067077
2.4759-2.5428	0.243986993662	144		2729	X-RAY DIFFRACTION	99.6185852982
2.5428-2.6175	0.292943497955	146	0.233223152328	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.8290598291
2.6175-2.702	0.296255118372	146	0.239017696255	2688	X-RAY DIFFRACTION	98.8834612701
2.702-2.7984	0.268707166763	148	0.23628204201	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.3537414966
2.7984-2.9104	0.278394510876	144	0.231692827992	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.4473229706
2.9104-3.0427	0.258957470025	142	0.226197550462	2699	X-RAY DIFFRACTION	98.8173913043
3.0427-3.2029	0.264353874839	141	0.21966015439	2712	X-RAY DIFFRACTION	98.8908145581
3.2029-3.4033	0.282218168709	140	0.226322971538	2719	X-RAY DIFFRACTION	98.8589211618
3.4033-3.6656	0.222378989653	142	0.205695874099	2683	X-RAY DIFFRACTION	96.0557633458
3.6656-4.0335	0.255975022968	138	0.187698831692	2623	X-RAY DIFFRACTION	95.1085084395
4.0335-4.615	0.214215146687	145	0.183723559378	2693	X-RAY DIFFRACTION	98.7130434783
4.615-5.8064	0.206416210176	146	0.173788504858	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.583477959
5.8064-28.52	0.170249468324	140		2687	X-RAY DIFFRACTION	97.3149741824

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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