PDB-7vb8: SbSOMT in complex with resveratrol and nicotinamide adenine dinuc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vb8

タイトル

SbSOMT in complex with resveratrol and nicotinamide adenine dinucleotide(NAD+)

要素

stilbene O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / resveratrol / complex / o-methyltransferase / substrate

機能・相同性

機能・相同性情報

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / biosynthetic process / methylation / protein dimerization activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sorghum bicolor (タカキビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Pow, K.C. / Hao, Q.

資金援助

香港, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Regioselective stilbene O-methylations in Saccharinae grasses.
著者: Lui, A.C.W. / Pow, K.C. / Lin, N. / Lam, L.P.Y. / Liu, G. / Godwin, I.D. / Fan, Z. / Khoo, C.J. / Tobimatsu, Y. / Wang, L. / Hao, Q. / Lo, C.

履歴

登録	2021年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月25日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.2	2023年6月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vb8.cif.gz	182.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vb8.ent.gz	139.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/7vb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/7vb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7waqC 7warC 7wasC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

B: stilbene O-methyltransferase

A: stilbene O-methyltransferase

ヘテロ分子

86.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.831, 96.831, 168.038
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質	stilbene O-methyltransferase 分子量: 41533.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sorghum bicolor (タカキビ) / 遺伝子: SORBI_3007G059100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus (DE3) RIL / 参照: UniProt: A0A1B6PFV1

-
非ポリマー , 7種, 597分子

#2: 化合物	ChemComp-STL / RESVERATROL / レスベラト-ル分子量: 228.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M sodium acetate , 0.2 M ammonium chloride, 2.5% (w/v) polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→48.462 Å / Num. obs: 97225 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.4 % / B_iso Wilson estimate: 22.6 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 30.2
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.941 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4621 / CC_1/2: 0.849 / R_pim(I) all: 0.357 / R_rim(I) all: 1.01 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUCCANEER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MrBUMP generated chimeric model

解像度: 1.72→48.462 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.181 / WR_factor R_work: 0.156 / SU B: 1.993 / SU ML: 0.063 / Average fsc free: 0.9712 / Average fsc work: 0.979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1893	4899	5.042 %
R_work	0.1633	92260	-
all	0.165	-	-
obs	-	97159	99.826 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.372 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.735 Å²	-0.367 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.735 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.383 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→48.462 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5622	0	229	568	6419

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	6196
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5693
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.639	1.642	8405
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.558	1.55	13241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.362	5	772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.817	10	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.638	10	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.67	10	262
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7048
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	5116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.217	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.816	2.604	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.816	2.603	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.93	3.884	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.929	3.884	3819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.125	3.129	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.125	3.13	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.057	4.507	4587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.057	4.508	4588
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.15	41.869	7052
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.107	40.753	6929

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.72-1.765	0.303	339	0.271	6616	0.273	7117	0.946	0.954	97.7238	0.245
1.765-1.813	0.258	345	0.233	6585	0.235	6930	0.958	0.968	100	0.204
1.813-1.865	0.233	398	0.21	6350	0.211	6748	0.964	0.973	100	0.178
1.865-1.923	0.216	349	0.199	6174	0.2	6523	0.97	0.973	100	0.169
1.923-1.986	0.25	315	0.192	6062	0.194	6377	0.959	0.976	100	0.164
1.986-2.055	0.192	290	0.174	5869	0.175	6159	0.975	0.981	100	0.152
2.055-2.133	0.218	290	0.177	5670	0.179	5961	0.971	0.98	99.9832	0.156
2.133-2.22	0.2	290	0.168	5427	0.169	5717	0.974	0.983	100	0.151
2.22-2.318	0.184	284	0.156	5214	0.157	5498	0.98	0.986	100	0.14
2.318-2.431	0.182	254	0.146	5024	0.148	5278	0.979	0.987	100	0.133
2.431-2.562	0.188	241	0.15	4780	0.152	5021	0.977	0.986	100	0.138
2.562-2.717	0.21	235	0.151	4505	0.154	4740	0.972	0.986	100	0.141
2.717-2.904	0.198	209	0.156	4285	0.158	4494	0.975	0.985	100	0.147
2.904-3.136	0.189	245	0.163	3952	0.164	4197	0.977	0.984	100	0.157
3.136-3.434	0.152	171	0.162	3699	0.162	3870	0.986	0.985	100	0.162
3.434-3.836	0.166	173	0.157	3350	0.157	3523	0.984	0.986	100	0.161
3.836-4.425	0.153	190	0.134	2939	0.135	3129	0.985	0.989	100	0.143
4.425-5.409	0.157	122	0.139	2553	0.14	2675	0.988	0.99	100	0.153
5.409-7.602	0.215	112	0.185	1984	0.187	2096	0.98	0.982	100	0.195
7.602-48.462	0.209	47	0.17	1222	0.171	1269	0.967	0.983	100	0.191

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