PDB-7va1: Crystal structure of human 3-phosphoglycerate dehydrogenase in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7va1

タイトル

Crystal structure of human 3-phosphoglycerate dehydrogenase in complex with GDD-04-35

要素

D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

2-oxoglutarate reductase / threonine metabolic process / glial cell development / phosphoglycerate dehydrogenase / phosphoglycerate dehydrogenase activity / taurine metabolic process / gamma-aminobutyric acid metabolic process / Serine metabolism / glycine metabolic process / malate dehydrogenase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Cen, Y. / Gao, D. / Zhou, J. / Tian, P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of Novel Drug-like PHGDH Inhibitors to Disrupt Serine Biosynthesis for Cancer Therapy.
著者: Gao, D. / Tang, S. / Cen, Y. / Yuan, L. / Lan, X. / Li, Q.H. / Lin, G.Q. / Huang, M. / Tian, P.

履歴

登録	2021年8月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2025年6月18日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7va1.cif.gz	377.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7va1.ent.gz	255.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7va1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/7va1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/7va1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g76S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

C: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

D: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

93.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.5 kDa, 1 ポリマー
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2

A: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: D-3-phosphoglycerate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.410, 112.520, 87.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.358, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 102 through 114 or resid 116...	A	B	102 - 114	9 - 21
1	2	CYS	CYS	ARG	ARG	(chain 'A' and (resid 102 through 114 or resid 116...	A	B	116 - 158	23 - 65
1	3	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain 'A' and (resid 102 through 114 or resid 116...	A	B	160	67
1	4	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 102 through 114 or resid 116...	A	B	163 - 290	70 - 197
2	1	ASN	ASN	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 102 through 114 or resid 116...	B	A	102 - 114	9 - 21
2	2	CYS	CYS	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 102 through 114 or resid 116...	B	A	116 - 158	23 - 65
2	3	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain 'B' and (resid 102 through 114 or resid 116...	B	A	160	67
2	4	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 102 through 114 or resid 116...	B	A	163 - 290	70 - 197
3	1	ASN	ASN	ILE	ILE	(chain 'C' and (resid 102 through 114 or resid 116...	C	C	102 - 114	9 - 21
3	2	CYS	CYS	ARG	ARG	(chain 'C' and (resid 102 through 114 or resid 116...	C	C	116 - 158	23 - 65
3	3	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain 'C' and (resid 102 through 114 or resid 116...	C	C	160	67
3	4	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 102 through 114 or resid 116...	C	C	163 - 290	70 - 197
4	1	ASN	ASN	ILE	ILE	(chain 'D' and (resid 102 through 114 or resid 116...	D	D	102 - 114	9 - 21
4	2	CYS	CYS	ARG	ARG	(chain 'D' and (resid 102 through 114 or resid 116...	D	D	116 - 158	23 - 65
4	3	VAL	VAL	VAL	VAL	(chain 'D' and (resid 102 through 114 or resid 116...	D	D	160	67
4	4	ARG	ARG	GLU	GLU	(chain 'D' and (resid 102 through 114 or resid 116...	D	D	163 - 290	70 - 197

#1: タンパク質	D-3-phosphoglycerate dehydrogenase / 3-PGDH / 2-oxoglutarate reductase / Malate dehydrogenase 分子量: 22961.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHGDH, PGDH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O43175, phosphoglycerate dehydrogenase, 2-oxoglutarate reductase, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-5YP / 4-[(3-ethanoylphenyl)sulfamoyl]-~{N}-[4-(3-fluorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]benzamide 分子量: 495.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₄H₁₈FN₃O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Calcium chloride dihydrate 0.1 M Tris 8.0 20 %(w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→47.31 Å / Num. obs: 85574 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 25.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / R_merge(I) obs: 0.621 / Num. unique obs: 4491

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2G76

2g76

解像度: 1.74→43.37 Å / SU ML: 0.2046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.0473
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2247	4312	5.05 %
R_work	0.1964	81075	-
obs	0.1979	85387	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→43.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5729	0	136	382	6247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0061	6023
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8586	8162
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	916
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	1065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.4665	2226

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.76	0.3772	137	0.3529	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.76-1.78	0.3517	137	0.3449	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.78-1.8	0.3907	130	0.3331	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.8-1.82	0.3362	157	0.3245	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.83-1.85	0.3055	128	0.3144	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.85-1.87	0.3216	162	0.2885	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.51
1.87-1.9	0.363	142	0.2809	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.9-1.93	0.31	145	0.265	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.93-1.96	0.2721	140	0.2527	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.96-1.99	0.3062	140	0.2505	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.58
1.99-2.03	0.2754	121	0.234	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.03-2.06	0.3103	146	0.2256	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.06-2.1	0.2599	157	0.2264	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.1-2.15	0.255	156	0.2103	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.15-2.19	0.2638	152	0.203	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.19-2.24	0.2566	143	0.2017	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.24-2.3	0.22	153	0.1909	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.3-2.36	0.2375	146	0.2015	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.36-2.43	0.2427	143	0.2035	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.43-2.51	0.2637	134	0.1946	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.51-2.6	0.2474	159	0.2053	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.6-2.7	0.2733	143	0.1955	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.7-2.83	0.2154	130	0.2033	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.83-2.98	0.2348	138	0.2084	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.98-3.16	0.2332	137	0.201	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.16-3.41	0.2175	150	0.2021	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.41-3.75	0.1864	160	0.1662	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.2
3.75-4.29	0.1713	164	0.1558	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.34
4.29-5.4	0.1832	125	0.1519	2721	X-RAY DIFFRACTION	98.85
5.4-43.37	0.1524	137	0.1653	2715	X-RAY DIFFRACTION	97.24

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -0.753215216874 Å / Origin y: -15.9631664874 Å / Origin z: 16.855423797 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.227380840093 Å²	0.00511431186217 Å²	0.0287743974561 Å²	-	0.209889646554 Å²	0.00508151493407 Å²	-	-	0.287997463968 Å²
L	0.421286222349 °²	0.0516305617182 °²	0.2494281292 °²	-	0.150014416764 °²	0.1242753673 °²	-	-	0.42275704548 °²
S	-0.00907979407007 Å °	0.00738977218038 Å °	-0.088738929365 Å °	-0.00563774742592 Å °	-0.00606285713481 Å °	-0.0214244501313 Å °	0.0150003096353 Å °	-0.00157350852058 Å °	0.0102863801052 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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