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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v9x | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E.coli retron-Ec86 in complex with its effector at 2.8 angstrom | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / Reverse transcriptase / RNA BINDING PROTEIN / TRANSFERASE-RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, Y.J. / Guan, Z.Y. / Zou, T.T. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insight into anti-phage Retron-Ec86 complex 著者: Wang, T.J. / Guan, Z.Y. / Zou, T.T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v9x.cif.gz | 251.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v9x.ent.gz | 189.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v9x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v9x_validation.pdf.gz | 913.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v9x_full_validation.pdf.gz | 924.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7v9x_validation.xml.gz | 30.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v9x_validation.cif.gz | 46.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/7v9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/7v9x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31829MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37832.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23070, RNA-directed DNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 35538.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: HJV81_000169 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7A0NNW9 #3: DNA鎖 | 分子量: 32468.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 341167 #4: RNA鎖 | 分子量: 25870.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 341167 #5: RNA鎖 | 分子量: 4541.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: retron-Ec86 (RT-msDNA-RNA) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 53.68 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 3.1 / カテゴリ: 最終オイラー角割当 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137409 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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