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- PDB-7v9p: Crystal structure of the lanthipeptide zinc-metallopeptidase EryP... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7v9p | ||||||
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Title | Crystal structure of the lanthipeptide zinc-metallopeptidase EryP from saccharopolyspora erythraea in intermediate state | ||||||
![]() | Alanine aminopeptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Aminopeptidase / Alanine aminopeptidase / CYTOSOLIC PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / peptide binding / proteolysis / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, C. / Zhao, N.L. / Bao, R. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Conformational remodeling enhances activity of lanthipeptide zinc-metallopeptidases. Authors: Zhao, C. / Sheng, W. / Wang, Y. / Zheng, J. / Xie, X. / Liang, Y. / Wei, W. / Bao, R. / Wang, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 711.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 581 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 67.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 100.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7v9nSC ![]() 7v9oC ![]() 7v9qC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 98234.484 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 11635 / DSM 40517 / JCM 4748 / NBRC 13426 / NCIMB 8594 / NRRL 2338 Gene: SACE_1339, A8924_1736 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Tris ,pH 8.0, 20% w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 9, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→37.74 Å / Num. obs: 328585 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Num. unique obs: 11286 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.308 / Rrim(I) all: 0.601 / % possible all: 90.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7V9N Resolution: 1.8→31.06 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.17 Å2 / Biso mean: 42.6222 Å2 / Biso min: 20.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→31.06 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 20.2313 Å / Origin y: -12.9454 Å / Origin z: 38.4521 Å
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Refinement TLS group |
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