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- PDB-7v9i: The Monomer mutant of BEN4 domain of protein Bend3 with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v9i
タイトルThe Monomer mutant of BEN4 domain of protein Bend3 with DNA
要素
  • BEN domain-containing protein 3
  • DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ATP metabolic process / rDNA binding / rDNA heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / heterochromatin / protein homooligomerization / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
BEN domain-containing protein 3 / BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / BEN domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang, J. / Zhang, Y. / You, Q. / Huang, C. / Zhang, T. / Wang, M. / Zhang, T. / Yang, X. / Xiong, J. / Li, Y. ...Zhang, J. / Zhang, Y. / You, Q. / Huang, C. / Zhang, T. / Wang, M. / Zhang, T. / Yang, X. / Xiong, J. / Li, Y. / Liu, C.P. / Zhang, Z. / Xu, R.M. / Zhu, B.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508900, 2017YFA0504202 中国
National Science Foundation (NSF, China)31991162, 31521002 中国
Chinese Academy of SciencesXDB 37010100 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Highly enriched BEND3 prevents the premature activation of bivalent genes during differentiation.
著者: Zhang, J. / Zhang, Y. / You, Q. / Huang, C. / Zhang, T. / Wang, M. / Zhang, T. / Yang, X. / Xiong, J. / Li, Y. / Liu, C.P. / Zhang, Z. / Xu, R.M. / Zhu, B.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BEN domain-containing protein 3
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8633
ポリマ－20,8633
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.504, 61.990, 136.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 BEN domain-containing protein 3


分子量: 13533.777 Da / 分子数: 1 / 変異: V78R, E788A, M791N, E792D, E793R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bend3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6PAL0
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 3624.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3704.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium formate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 2848 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.461 / Num. unique obs: 292

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.5→34.01 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 158 5.69 %
Rwork0.2107 2617 -
obs0.2139 2775 94.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.38 Å2 / Biso mean: 43.6291 Å2 / Biso min: 24.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→34.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数877 486 0 0 1363
残基数----129
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 158 -
Rwork0.2107 2617 -
all-2775 -
obs--94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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