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万見
- PDB-7v9g: Native BEN4 domain of protein Bend3 with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v9g
タイトルNative BEN4 domain of protein Bend3 with DNA
要素
  • BEN domain-containing protein 3
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ATP metabolic process / rDNA binding / rDNA heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / heterochromatin / protein homooligomerization / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
BEN domain-containing protein 3 / BEN domain / BEN domain / BEN domain profile. / BEN
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / BEN domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang, J. / Zhang, Y. / You, Q. / Huang, C. / Zhang, T. / Wang, M. / Zhang, T. / Yang, X. / Xiong, J. / Li, Y. ...Zhang, J. / Zhang, Y. / You, Q. / Huang, C. / Zhang, T. / Wang, M. / Zhang, T. / Yang, X. / Xiong, J. / Li, Y. / Liu, C.P. / Zhang, Z. / Xu, R.M. / Zhu, B.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508900, 2017YFA0504202 中国
National Science Foundation (NSF, China)31991162, 31521002 中国
Chinese Academy of SciencesXDB 37010100 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Highly enriched BEND3 prevents the premature activation of bivalent genes during differentiation.
著者: Zhang, J. / Zhang, Y. / You, Q. / Huang, C. / Zhang, T. / Wang, M. / Zhang, T. / Yang, X. / Xiong, J. / Li, Y. / Liu, C.P. / Zhang, Z. / Xu, R.M. / Zhu, B.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BEN domain-containing protein 3
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*A)-3')
D: BEN domain-containing protein 3
E: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*A)-3')
G: BEN domain-containing protein 3
H: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*A)-3')
J: BEN domain-containing protein 3
K: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,35212
ポリマ－93,35212
非ポリマー00
水00
1
A: BEN domain-containing protein 3
B: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*A)-3')
D: BEN domain-containing protein 3
E: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6766
ポリマ－46,6766
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9940 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area22640 Å2
手法PISA
2
G: BEN domain-containing protein 3
H: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*A)-3')
J: BEN domain-containing protein 3
K: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6766
ポリマ－46,6766
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9570 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area21790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.484, 200.484, 151.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 715 through 810)
21(chain D and resid 715 through 810)
31(chain G and resid 715 through 810)
41(chain J and resid 715 through 810)
12chain B
22chain E
32chain H
42chain K
13chain C
23chain F
33chain I
43chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROASNASN(chain A and resid 715 through 810)AA715 - 8104 - 99
21PROPROASNASN(chain D and resid 715 through 810)DD715 - 8104 - 99
31PROPROASNASN(chain G and resid 715 through 810)GG715 - 8104 - 99
41PROPROASNASN(chain J and resid 715 through 810)JJ715 - 8104 - 99
12DTDTDCDCchain BBB1 - 161 - 16
22DTDTDCDCchain EEE1 - 161 - 16
32DTDTDCDCchain HHH1 - 161 - 16
42DTDTDCDCchain KKK1 - 161 - 16
13DGDGDADAchain CCC1 - 161 - 16
23DGDGDADAchain FFF1 - 161 - 16
33DGDGDADAchain III1 - 161 - 16
43DGDGDADAchain LLL1 - 161 - 16

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
BEN domain-containing protein 3


分子量: 13536.790 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bend3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6PAL0
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*GP*GP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4876.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量: 4925.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM sodium citrate/Citric acid pH 4.0, 200 mM Sodium citrate tribasic, and 17% PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97884 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97884 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 23049 / % possible obs: 86.95 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.06 / Num. unique obs: 2480

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.5→41.78 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 1189 5.16 %
Rwork0.2385 21860 -
obs0.2403 23049 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 185.71 Å2 / Biso mean: 84.7131 Å2 / Biso min: 30.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→41.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3515 2600 0 0 6115
残基数----549
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1975X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
12D1975X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
13G1975X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
14J1975X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
21B624X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
22E624X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
23H624X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
24K624X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
31C624X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
32F624X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
33I624X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
34L624X-RAY DIFFRACTION9.862TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.660.36271550.34512639279499
3.66-3.850.32681490.306926842833100
3.85-4.090.30261300.270826922822100
4.09-4.410.28131540.224327032857100
4.41-4.850.23821690.22427012870100
4.85-5.550.25061480.220727412889100
5.55-6.990.27241490.245227812930100
6.99-41.780.23511350.18962919305499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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