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- PDB-7v98: Crystal Structure of the Dimeric EcHsp60 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v98
タイトルCrystal Structure of the Dimeric EcHsp60
要素60 kDa chaperonin
キーワードCHAPERONE / Hsp60 / Homodimer / Inactive form
機能・相同性
機能・相同性情報


chaperonin ATPase / ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
60 kDa heat shock protein, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Epinephelus coioides (チャイロマルハタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Lai, M.C. / Lin, S.M.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)110-2636-B-006 -012 - 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2636-B-006 -012 - 台湾
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of dimeric and heptameric mtHsp60 reveal the mechanism of chaperonin inactivation.
著者: Lai, M.C. / Cheng, H.Y. / Lew, S.H. / Chen, Y.A. / Yu, C.H. / Lin, H.Y. / Lin, S.M.
履歴
登録2021年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 60 kDa chaperonin
B: 60 kDa chaperonin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,7232
ポリマ－124,7232
非ポリマー00
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The retention time is closed to 120 kDa., SAXS, The Rg is 35.86
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area37010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.287, 95.378, 128.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 60 kDa chaperonin / 60 kDa heat shock protein / mitochondrial / Chaperonin 60 / Heat shock protein 60


分子量: 62361.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epinephelus coioides (チャイロマルハタ)
遺伝子: HSP60 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta / 参照: UniProt: A0A097BVP4, chaperonin ATPase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 400 mM KNaC4H4O6, 21 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月28日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 42352 / % possible obs: 91.47 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 49.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 13.69
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique obs: 3936 / CC1/2: 0.722 / CC star: 0.916 / Rpim(I) all: 0.404 / Rrim(I) all: 0.904 / % possible all: 86.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.19.2_4158位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MRD

6mrd


解像度: 2.35→29.96 Å / SU ML: 0.3245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5692
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 1964 4.64 %
Rwork0.2131 40339 -
obs0.2155 42303 91.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5715 0 0 81 5796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43027792
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393962
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0975810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.410.33181340.26332650X-RAY DIFFRACTION85.85
2.41-2.470.31151330.27342754X-RAY DIFFRACTION87.94
2.47-2.550.31321280.27092713X-RAY DIFFRACTION87.96
2.55-2.630.29351460.2592738X-RAY DIFFRACTION88.22
2.63-2.720.30341280.25992761X-RAY DIFFRACTION88.46
2.72-2.830.31971410.25452747X-RAY DIFFRACTION88.97
2.83-2.960.32951230.26762804X-RAY DIFFRACTION88.83
2.96-3.120.32431390.27362751X-RAY DIFFRACTION88.24
3.12-3.310.29961260.2472795X-RAY DIFFRACTION89.19
3.31-3.570.29871400.22812921X-RAY DIFFRACTION92.59
3.57-3.920.30241460.21153052X-RAY DIFFRACTION96.73
3.92-4.490.21931600.17323159X-RAY DIFFRACTION99.46
4.49-5.650.2261600.18023208X-RAY DIFFRACTION100
5.65-29.960.21731600.18483286X-RAY DIFFRACTION98.12
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.39694507141-1.555306628191.767001242449.332485910981.593794118662.095780111310.08888003804520.1987193988290.28678301154-1.62922852067-0.434559163098-0.1719644665511.35810619986-0.6925030891470.3177375237750.577376502547-0.002709362821120.03294391029160.727788367911-0.1029504042440.6476521580321.00364980572.24833140971-23.813625836
28.21789551096-4.24752712761-7.564593184224.891330526365.339677667188.13421921487-0.644969424094-0.275683338142-0.5644949824550.3868091601810.2020992810650.4512301788040.6329411270730.3099954848920.3856528719310.4122869000890.0932712793175-0.1120423048750.6325457881310.1446528109640.4671167079723.34826571178-3.758175806363.75052910883
38.861768311963.115320127635.088704489049.298145397762.216727034057.89948148831-0.0973840007225-0.489705595448-0.2409856222870.4426766494810.228845965587-0.1219788641460.2860776122060.290391978791-0.1278676098750.3350710300480.07063016060550.1021516907010.4634252418840.03157837007710.40700802345-12.618089244210.733017945710.8136096693
44.029595850320.668329022519-2.114169727251.17697533462-0.8501860576892.625341076280.0272003338148-0.19770142023-0.1593782230630.171002696667-0.200161830512-0.07364733015990.1988648167270.1794321170240.1494340395520.3781774376180.00292222197945-0.01240487697380.3321169186470.04333814384030.370153162504-12.696934481418.2408123539-2.85557208992
52.4808666451.05486668353-0.5298521049363.21378832059-0.87116498553.51932047692-0.1042379997830.4014231585-0.293365883883-0.2083463309470.03816522740810.3020931514150.264232697814-0.4361620128750.06669286364010.3022930540450.0388213326870.003693781643610.434575168331-0.07227575633390.41586367849-23.260456391414.7705242173-15.5567122406
65.205770430141.044027159580.5799866529791.475167900770.3869705850335.83002415274-0.2250673261970.73905628359-1.09605399415-0.03650401436430.2448406672420.005408677671521.266466391140.393407575794-0.1813747333790.5420542635250.06243435570050.1421176601990.403879929663-0.0561369958410.706979510315-20.19010690592.82590389202-0.655529793838
74.07037829196-2.82504666338-1.616999493393.276859640553.510420321754.6849692417-0.125086813221-0.393158722776-0.00771271609706-0.2453059253110.333494828353-0.956069671679-0.250646570840.655005939725-0.1907056068480.459326440141-0.05293181988720.01514564244270.641975895240.02284060705770.487453973024-4.3808949911514.75307605587.02909160609
87.22769821631-1.25833100565-5.061480838153.282428873610.9174111089635.337410339330.0562216436975-1.277537076650.002042354568790.4681216675110.564680672182-0.3979985071070.2806263932041.09504289618-0.6372153987040.5489774932280.229303736198-0.1553693686310.940526126642-0.01868047225190.59455162375112.8158672994-5.575086312811.21128680142
93.980946025171.33132846226-1.096449024781.49569947306-0.8749692119970.523114649190.219202017175-1.179973912790.245535870885-0.230539088436-0.5852620560930.331447338718-0.799243868068-0.004381285486140.4740810779030.5756050737490.0448736543642-0.2384453918610.769825567868-0.08267527253740.81535504261220.60253653751.3891906165-4.74274669695
106.66116391702-7.173774246414.185613849997.96236439059-5.366863893223.037684514060.7820390370950.9580484946670.262814334223-0.991369850365-0.756020254562-0.3517019005040.3946190974170.630254553019-0.05790270754220.7114328167340.0689549407310.01766807569940.713036882448-0.01334475438180.54440050134319.719866253927.097162597-36.9298934924
110.8406231947231.35728103842-1.792951330413.06346443246-1.558938142825.94727867658-0.1545296462240.3129757169520.1578879719-0.518733976538-0.08162022820050.1011187196030.243226007679-0.1740976491520.1819378787820.3894290474060.004092107600840.005535258969060.4718954421670.09780410850750.4458275567372.1414400340635.6008557199-29.2781488339
122.790584989551.64680110614-1.292951044863.24968846833-1.117701727483.31098104026-0.05314643383560.01505224807270.5085951722360.0588511067472-0.06150147036290.0468359807329-0.5662517495330.05100155707950.1074188563850.3739495963980.0186954766593-0.06451050217720.3561849261480.08402248060.4136728039344.151380990145.9634964558-15.7301298151
135.285099307740.5826624948134.587433425842.060094519382.039284707936.56905435397-0.07446040427930.369400829723-0.271195107482-0.2859113177290.189742516483-0.1811836131740.1801630136970.637904731679-0.1094110470330.458313695763-0.001247116897140.04447809859020.514779892650.1739410869190.41652199121812.109323524238.5956447591-34.3003450183
141.93529844336-0.4581639154772.071948001386.28340213952-3.937222443926.475545662920.2229401346240.554554751397-0.229679124758-1.02051286316-0.09024154847790.04539613044390.9087523898330.177873557249-0.1177988957160.6669052663260.1691595807270.02971916012140.61061910185-0.08804960537870.55986387732426.983228462812.2237951595-31.6927464727
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 115 through 136 )AA115 - 1361 - 22
22chain 'A' and (resid 137 through 179 )AA137 - 17923 - 65
33chain 'A' and (resid 180 through 203 )AA180 - 20366 - 89
44chain 'A' and (resid 204 through 236 )AA204 - 23690 - 122
55chain 'A' and (resid 237 through 379 )AA237 - 379123 - 265
66chain 'A' and (resid 380 through 410 )AA380 - 410266 - 296
77chain 'A' and (resid 411 through 434 )AA411 - 434297 - 320
88chain 'A' and (resid 435 through 533 )AA435 - 533321 - 386
99chain 'B' and (resid 114 through 136 )BB114 - 1361 - 23
1010chain 'B' and (resid 137 through 203 )BB137 - 20324 - 90
1111chain 'B' and (resid 204 through 236 )BB204 - 23691 - 123
1212chain 'B' and (resid 237 through 378 )BB237 - 378124 - 265
1313chain 'B' and (resid 379 through 434 )BB379 - 434266 - 321
1414chain 'B' and (resid 435 through 533 )BB435 - 533322 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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