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- PDB-7v8w: Crystal structure of PsEst3 S128A variant complexed with malonate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v8w
タイトルCrystal structure of PsEst3 S128A variant complexed with malonate
要素esterase
キーワードHYDROLASE / esterases
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / MALONIC ACID
機能・相同性情報
生物種Paenibacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Son, J. / Kim, H. / Kim, H.W.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021M1A5A1075524 韓国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical insights into PsEst3, a new GHSR-type esterase obtained from Paenibacillus sp. R4.
著者: Son, J. / Choi, W. / Kim, H. / Kim, M. / Lee, J.H. / Shin, S.C. / Kim, H.W.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / diffrn_detector / entity / entity_poly / entity_poly_seq / exptl / exptl_crystal / exptl_crystal_grow / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_conf / struct_mon_prot_cis
Item: _citation.title / _diffrn_detector.detector ..._citation.title / _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_mutation / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _exptl.crystals_number / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_starting_model / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_chi_squared / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _struct.title / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
改定 2.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9155
ポリマ－29,6311
非ポリマー2844
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.243, 144.243, 144.243
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-433-

HOH

21A-442-

HOH

31A-529-

HOH

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要素

#1: タンパク質 esterase


分子量: 29631.170 Da / 分子数: 1 / 変異: S128A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paenibacillus sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.6 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.1M malonic acid, 0.15M ammonium citrate tribasic, 0.072M succinic acid, 0.18M DL-Malic acid, 0.24M Sodium acetate, 0.3M sodium formate, 0.096M ammonium tartrate dibasic, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 48026 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.9 % / Rmerge(I) obs: 1 / Χ2: 0.014 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 1611395
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.8311.60.53345170.2191100
1.83-1.8612.40.52245120.2291100
1.86-1.913.20.49745310.2421100
1.9-1.9413.90.46744740.2671100
1.94-1.9814.80.44145090.2851100
1.98-2.0315.20.41344610.2961100
2.03-2.0815.80.35945230.3211100
2.08-2.1316.60.30945070.3421100
2.13-2.216.80.29144980.351100
2.2-2.27170.24645230.3721100
2.27-2.3516.40.20744380.3931100
2.35-2.4417.90.1745320.4221100
2.44-2.5519.50.13845020.4321100
2.55-2.6921.20.11345260.4471100
2.69-2.8621.80.0944560.4621100
2.86-3.0822.20.06945110.4841100
3.08-3.3922.70.0544990.4791100
3.39-3.8822.70.03645060.4361100
3.88-4.8820.90.03145240.4421100
4.88-50250.02845280.446199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7V8V

7v8v


解像度: 1.8→45.61 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 19.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 2000 4.16 %
Rwork0.1883 --
obs0.1892 48026 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2010 0 19 142 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d12819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.136277
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.36661400.31763227X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.890.32991410.29383241X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.950.31451410.27173241X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.010.27691400.23313211X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.080.22981400.21813229X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.170.21461410.19823254X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.270.21761420.19553260X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.390.20981400.18923238X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.540.22611430.18483266X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.730.22511420.19473290X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.010.22321440.20223299X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.440.20931440.18233323X-RAY DIFFRACTION100
3.44-4.330.17011470.16323365X-RAY DIFFRACTION100
4.34-45.610.16921550.15563582X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.2104 Å / Origin y: -1.34 Å / Origin z: -3.9929 Å
111213212223313233
T0.2466 Å20.0105 Å2-0.0107 Å2-0.2259 Å2-0.0257 Å2--0.1224 Å2
L2.2565 °20.3118 °2-0.4735 °2-2.256 °20.0467 °2--2.8964 °2
S0.0295 Å °-0.0091 Å °-0.2065 Å °0.0866 Å °-0.002 Å °0.0106 Å °0.4079 Å °-0.0674 Å °-0.0288 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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