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- PDB-7v8s: Crystal structure of cyclohexanone monooxygenase from T. municipa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v8s
タイトルCrystal structure of cyclohexanone monooxygenase from T. municipale mutant L437T complexed with NADP+ and FAD in space group of P1211
要素Cyclohexanone Monooxygenase from Thermocrispum municipale
キーワードFLAVOPROTEIN / cyclohexanone monooxygenase / directed evolution / regioselectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclohexanone monooxygenase / cyclohexanone monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Cyclohexanone Monooxygenase from Thermocrispum municipale
類似検索 - 構成要素
生物種Thermocrispum municipale (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Li, T. / Li, G.Y. / Yin, H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Dalian Science and Technology Innovation Fund2020JJ25CY017 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21807111 中国
Doctoral Scientific Research Foundation of Liaoning Province2020-BS-013 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Biocatalytic Baeyer-Villiger Reactions: Uncovering the Source of Regioselectivity at Each Evolutionary Stage of a Mutant with Scrutiny of Fleeting Chiral Intermediates.
著者: Dong, Y.J. / Li, T. / Zhang, S.Q. / Sanchis, J. / Yin, H. / Ren, J. / Sheng, X. / Li, G.Y. / Reetz, M.T.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclohexanone Monooxygenase from Thermocrispum municipale
B: Cyclohexanone Monooxygenase from Thermocrispum municipale
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,53911
ポリマ－120,3662
非ポリマー3,1739
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.122, 164.034, 62.052
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cyclohexanone Monooxygenase from Thermocrispum municipale


分子量: 60183.121 Da / 分子数: 2 / 変異: L437T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermocrispum municipale (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L1QK40, cyclohexanone monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 % / Mosaicity: 0.784 ° / Mosaicity esd: 0.012 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 64544 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 0.703 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.143.20.35533000.8430.2330.4260.55899.8
2.14-2.183.20.33131850.8610.2170.3970.59499.7
2.18-2.223.20.32232350.8670.210.3860.58199.6
2.22-2.263.20.3332200.8520.2150.3950.7599.1
2.26-2.313.20.173321510.1310.2180.70598.9
2.31-2.373.10.24532080.9190.1630.2950.62399
2.37-2.422.90.21731300.9060.1510.2650.63497.3
2.42-2.493.10.20631920.930.1380.2490.62997.6
2.49-2.563.40.18632410.9540.1190.2210.62499.9
2.56-2.653.40.1732390.9590.1080.2020.63599.9
2.65-2.743.40.19132480.930.1210.2270.79499.8
2.74-2.853.40.1432410.9680.090.1670.65899.8
2.85-2.983.30.12332460.970.080.1470.799.7
2.98-3.143.30.10332230.9820.0670.1230.70999.7
3.14-3.333.20.08832110.9850.0580.1060.73599.4
3.33-3.592.90.07731730.9970.0530.0940.86597.1
3.59-3.953.40.07332540.9870.0470.0870.91599.8
3.95-4.523.40.05732680.9940.0360.0670.78499.9
4.52-5.73.30.05532660.9940.0350.0650.6999.8
5.7-503.20.05932490.9940.0380.070.86698.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.526
最高解像度最低解像度
Rotation27.78 Å2.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP11.7.03位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5m10

5m10


解像度: 2.08→27.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.952 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.2211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 3269 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.1744 61218 98.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.44 Å2 / Biso mean: 20.677 Å2 / Biso min: 2.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å2-0.42 Å2
2---0.7 Å2-0 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→27.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8306 0 207 533 9046
Biso mean--20.72 21.23 -
残基数----1058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0138757
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.65411950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2441.5818250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.23251068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.40621.66494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.197151350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7541571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210059
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022131
LS精密化 シェル解像度: 2.081→2.135 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 194 -
Rwork0.213 4014 -
all-4208 -
obs--86.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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