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- PDB-7v8n: Crystal structure of the PWWP-ARID domain of ARID4A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v8n
タイトルCrystal structure of the PWWP-ARID domain of ARID4A
要素AT-rich interactive domain-containing protein 4A
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of Sertoli cell barrier / negative regulation of stem cell population maintenance / genomic imprinting / erythrocyte development / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / transcription repressor complex / negative regulation of cell migration / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...establishment of Sertoli cell barrier / negative regulation of stem cell population maintenance / genomic imprinting / erythrocyte development / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / transcription repressor complex / negative regulation of cell migration / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / spermatogenesis / Potential therapeutics for SARS / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / RBB1NT / RBB1NT (NUC162) domain / : / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain ...: / : / RBB1NT / RBB1NT (NUC162) domain / : / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / Tudor domain / Tudor domain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AT-rich interactive domain-containing protein 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wei, X. / Lin, L. / Lu, Q.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the PWWP-ARID of ARID4A
著者: Ren, D. / Wei, X. / Lin, L. / Liu, L. / Fan, Y. / Lu, Q. / He, G.
履歴
登録2021年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AT-rich interactive domain-containing protein 4A
B: AT-rich interactive domain-containing protein 4A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0592
ポリマ－58,0592
非ポリマー00
水3,045169
1
A: AT-rich interactive domain-containing protein 4A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0301
ポリマ－29,0301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AT-rich interactive domain-containing protein 4A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0301
ポリマ－29,0301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.668, 54.818, 180.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AT-rich interactive domain-containing protein 4A / ARID domain-containing protein 4A / Retinoblastoma-binding protein 1 / RBBP-1


分子量: 29029.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARID4A, RBBP1, RBP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29374
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1 M Tris pH8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→46.87 Å / Num. obs: 34354 / % possible obs: 98.44 % / 冗長度: 12.46 % / Biso Wilson estimate: 33.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.116 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.139.130.9072.329420.8150.96386.15
2.13-2.2111.420.7443.933700.9490.7897.97
2.21-2.3113.660.5576.934310.9860.579100
2.31-2.4313.450.447934420.9930.465100
2.43-2.5912.660.30712.134700.9930.32100
2.59-2.7913.610.21816.734630.9960.22699.97
2.79-3.0713.050.14521.934700.9970.151100
3.07-3.5112.870.0922935020.9980.096100
3.51-4.4212.320.06436.135330.9990.067100
4.42-46.8711.990.04842.137310.9990.05100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LJX

4ljx


解像度: 2.05→46.87 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 1994 5.81 %
Rwork0.1958 32351 -
obs0.1979 34345 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.06 Å2 / Biso mean: 34.8915 Å2 / Biso min: 15.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→46.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3420 0 0 169 3589
Biso mean---35.72 -
残基数----428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10.37561140.30311962207684
2.1-2.160.35121340.25212155228995
2.16-2.220.27371430.221722972440100
2.22-2.30.2561420.221323192461100
2.3-2.380.23681440.222423172461100
2.38-2.470.28611390.212622972436100
2.47-2.590.22911470.214423402487100
2.59-2.720.25511430.214423202463100
2.72-2.890.25031430.217923412484100
2.89-3.120.25351470.219423292476100
3.12-3.430.22761440.210523722516100
3.43-3.930.231470.176923722519100
3.93-4.940.17731510.153723942545100
4.95-46.870.20651560.172125362692100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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