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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v6b | ||||||
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タイトル | Structure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / Ribonuclease / Double-stranded RNA-binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() follicle cell of egg chamber stalk formation / lncRNA catabolic process / : / positive regulation of Toll signaling pathway / regulatory ncRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing / dsRNA transport ...follicle cell of egg chamber stalk formation / lncRNA catabolic process / : / positive regulation of Toll signaling pathway / regulatory ncRNA processing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing / dsRNA transport / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / global gene silencing by mRNA cleavage / ribonuclease III / apoptotic DNA fragmentation / RISC-loading complex / deoxyribonuclease I activity / detection of virus / RISC complex assembly / ribonuclease III activity / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / siRNA processing / positive regulation of innate immune response / RISC complex / positive regulation of defense response to virus by host / heterochromatin formation / helicase activity / locomotory behavior / mRNA 3'-UTR binding / cellular response to virus / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / defense response to virus / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
![]() | Yamaguchi, S. / Nishizawa, T. / Kusakizako, T. / Yamashita, K. / Tomita, A. / Hirano, H. / Nishimasu, H. / Nureki, O. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer bound to a small RNA duplex. 著者: Sonomi Yamaguchi / Masahiro Naganuma / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Yukihide Tomari / Hiroshi Nishimasu / Osamu Nureki / ![]() 要旨: In flies, Argonaute2 (Ago2) and small interfering RNA (siRNA) form an RNA-induced silencing complex to repress viral transcripts. The RNase III enzyme Dicer-2 associates with its partner protein R2D2 ...In flies, Argonaute2 (Ago2) and small interfering RNA (siRNA) form an RNA-induced silencing complex to repress viral transcripts. The RNase III enzyme Dicer-2 associates with its partner protein R2D2 and cleaves long double-stranded RNAs to produce 21-nucleotide siRNA duplexes, which are then loaded into Ago2 in a defined orientation. Here we report cryo-electron microscopy structures of the Dicer-2-R2D2 and Dicer-2-R2D2-siRNA complexes. R2D2 interacts with the helicase domain and the central linker of Dicer-2 to inhibit the promiscuous processing of microRNA precursors by Dicer-2. Notably, our structure represents the strand-selection state in the siRNA-loading process, and reveals that R2D2 asymmetrically recognizes the end of the siRNA duplex with the higher base-pairing stability, and the other end is exposed to the solvent and is accessible by Ago2. Our findings explain how R2D2 senses the thermodynamic asymmetry of the siRNA and facilitates the siRNA loading into Ago2 in a defined orientation, thereby determining which strand of the siRNA duplex is used by Ago2 as the guide strand for target silencing. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 359.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 280.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 31741MC ![]() 7v6cC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.4 TB Data #1: Structure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer [micrographs - multiframe] Data #2: Structure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer bound to small RNA duplex [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 198134.734 Da / 分子数: 1 / 変異: M208L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Dcr-2, cg6493, Dcr, dcr, DCR-2, dcr-2, Dcr-2-RA, DCR2, Dcr2, dcr2, dDcr2, dic2, DICER, Dicer, dicer, DICER-2, dicer-2, Dicer2, dicer2, dmDcr-2, Dmel\CG6493, CG6493, Dmel_CG6493 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A1ZAW0, deoxyribonuclease I, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ, ribonuclease III, EC: 3.6.1.3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 35517.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: r2d2, cg7138, Dmel\CG7138, R2D2, R2d2, CG7138, Dmel_CG7138 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9VLW8 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Dicer-2-R2D2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144979 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.3→164.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / SU B: 22.216 / SU ML: 0.353 / ESU R: 0.46 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 124.555 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 13633 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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