PDB-7v5p: The dimeric structure of G80A/H81A myoglobin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v5p

タイトル

The dimeric structure of G80A/H81A myoglobin

要素

Myoglobin

キーワード

OXYGEN BINDING / OXYGEN STORAGE

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Xie, C. / Nagao, S. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Hirota, S.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2021
タイトル: Experimental and theoretical study on converting myoglobin into a stable domain-swapped dimer by utilizing a tight hydrogen bond network at the hinge region.
著者: Xie, C. / Shimoyama, H. / Yamanaka, M. / Nagao, S. / Komori, H. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Shigeta, Y. / Hirota, S.

履歴

登録	2021年8月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v5p.cif.gz	141.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v5p.ent.gz	109.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v5p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v5p_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v5p_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7v5p_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	7v5p_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v5p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v5qC 7v5rC 3vm9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Myoglobin

B: Myoglobin

ヘテロ分子

35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.527, 62.735, 83.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 153 / Label seq-ID: 1 - 153

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Myoglobin 分子量: 16930.471 Da / 分子数: 2 / 変異: G80A, H81A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, 10% (w/v) PEG 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→47.35 Å / Num. obs: 101566 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.16→1.18 Å / Num. unique obs: 4675 / CC_1/2: 0.893

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VM9

3vm9

解像度: 1.16→41.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 0.923 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20562	5098	5 %	RANDOM
R_work	0.19651	-	-	-
obs	0.19697	96318	96.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.062 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.16→41.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2390	0	88	316	2794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.369	1.696	3446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.482	1.621	5634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.836	5	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.905	24.63	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.406	15	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.678	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	310
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	538
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4573 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.16→1.19 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	379	-
R_work	0.245	6650	-
obs	-	-	91.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3007	2.844	-1.1581	6.511	-3.6279	5.4065	0.0006	0.0291	0.0159	0.0206	0.1013	0.0729	-0.2387	-0.2534	-0.1019	0.091	0.0674	-0.0148	0.0569	0.003	0.0316	-0.8693	8.8122	-4.9498
2	3.0601	-0.2053	0.8817	0.7245	-0.1619	1.6955	0.0064	-0.1207	-0.0247	-0.0679	-0.0078	0.0379	0.1527	-0.1194	0.0015	0.0409	0.0027	0.0264	0.0314	0.0061	0.0449	7.2433	-0.671	11.0598
3	2.3369	2.8365	-1.8778	5.9844	-3.84	5.4643	0.0076	-0.2224	-0.0627	0.1747	-0.1754	-0.1782	-0.0785	0.3261	0.1677	0.0348	0.0122	0.0101	0.0623	0.0112	0.0312	10.5521	2.4811	23.0133
4	0.3956	-0.3357	0.2076	4.0146	-2.838	2.916	-0.0283	-0.0243	-0.02	-0.0137	-0.0017	-0.0238	0.1014	-0.049	0.03	0.0224	0.0006	0.0139	0.0503	0.0008	0.0554	1.6494	7.689	9.3488
5	0.6727	0.2483	-0.4082	2.2365	0.4141	3.2196	-0.0483	0.0034	0.0018	-0.2271	0.0002	-0.0902	0.1925	0.1998	0.0481	0.0627	-0.0088	0.0265	0.0534	-0.0004	0.0174	6.1464	36.4857	-12.7939
6	6.0056	-2.5608	-3.1262	3.7306	2.4498	5.6179	-0.1272	-0.4466	0.1146	0.1327	0.1891	0.106	-0.153	-0.0946	-0.0619	0.0453	0.0115	0.0042	0.0841	-0.0001	0.017	-3.6825	46.9119	2.7961
7	1.7208	-1.1425	-2.0422	2.9392	1.7682	4.6307	0.0172	-0.0589	0.0323	-0.0191	-0.0073	-0.082	-0.0559	0.095	-0.0099	0.0256	-0.0199	-0.0059	0.0626	-0.0004	0.0287	4.177	36.5998	2.7636
8	8.6845	-0.4162	-0.3241	14.1523	-2.7143	0.5463	-0.0283	-0.0112	-0.371	0.3699	-0.2066	-1.0988	-0.025	0.0561	0.2349	0.3063	0.098	0.0076	0.0924	0.0213	0.1095	12.6974	29.8798	-12.2882
9	1.9007	-1.3107	1.732	2.9062	-1.1695	1.9752	0.0362	-0.0609	0.0091	0.0052	-0.0491	-0.0579	0.1056	-0.0227	0.0129	0.0444	-0.0342	0.0135	0.0701	-0.0074	0.01	-3.6937	34.2415	8.9514
10	2.8153	1.4055	-0.944	2.5362	-0.2489	1.4898	-0.0052	-0.04	0.1807	-0.1708	0.0445	0.1268	-0.0535	-0.0119	-0.0394	0.0412	-0.0244	-0.0185	0.0253	0.0042	0.0292	-4.8056	46.7576	-6.4527
11	3.0935	-4.5475	1.213	7.457	-0.5663	5.2919	0.0475	0.0757	0.0405	-0.138	-0.0434	0.0377	-0.434	0.0678	-0.0041	0.2056	-0.0223	0.0193	0.0136	0.0126	0.0234	-0.7764	48.2224	-19.8778
12	3.9852	1.4739	-0.3036	10.9815	-2.9689	3.6541	0.1168	0.0158	-0.0013	-0.2012	-0.0039	0.4226	-0.174	-0.2326	-0.1128	0.088	0.0099	-0.0323	0.0472	0.0258	0.0451	-9.6137	50.5453	-14.4713
13	0.8058	-1.0974	1.2405	3.0034	-2.0339	2.5711	-0.0483	-0.0214	-0.0414	0.0002	0.0452	0.0281	0.0244	0.0919	0.0031	0.0264	0.0098	0.0012	0.0389	0.0216	0.0379	-3.5121	30.3363	-0.9332
14	4.3094	-3.024	1.1314	4.9474	-1.7008	4.6846	-0.2559	-0.1803	0.1792	0.5159	0.154	-0.2144	-0.3358	-0.1407	0.1019	0.0717	0.0139	-0.031	0.0269	-0.0243	0.0387	9.0977	17.5433	17.1562
15	1.0251	0.2379	0.6718	1.7791	0.3842	1.4013	0.0229	0.0682	-0.1005	-0.2646	-0.0262	-0.0973	-0.025	0.0035	0.0033	0.0469	0.0149	0.0178	0.0366	-0.0095	0.0518	8.76	3.6594	0.4591
16	1.8899	1.0846	1.1814	4.0378	0.5771	2.7734	0.0003	-0.0709	0.0856	-0.0319	-0.1109	-0.3467	-0.2032	0.0445	0.1106	0.028	-0.0015	0.0094	0.0193	0.011	0.0708	13.0062	19.1381	7.4266

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	50 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	88 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	107 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	123 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	146 - 153
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 15
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	16 - 39
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	40 - 50
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	51 - 63
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	64 - 86
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	87 - 99
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	100 - 133
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	134 - 153

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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