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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v57 | ||||||
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タイトル | Structure of AdaV | ||||||
要素 | AdaV | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Halogenase | ||||||
機能・相同性 | Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / metal ion binding / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / Isopenicillin N synthase-like Fe(2+) 2OG dioxygenase domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Actinomadura sp. ATCC 39365 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z.Y. / Chen, W.Q. / Zhai, G.Q. / Zhang, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Structural Insight into the Catalytic Mechanism of Non-Heme Iron Halogenase AdaV in 2'-Chloropentostatin Biosynthesis 著者: Zhai, G.Q. / Gong, R. / Lin, Y. / Zhang, M. / Li, J. / Deng, Z. / Sun, J. / Chen, W. / Zhang, Z.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v57.cif.gz | 68 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v57.ent.gz | 47.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v57.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v57_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v57_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7v57_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v57_validation.cif.gz | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v57 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35947.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Actinomadura sp. ATCC 39365 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U8X168 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-AKG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.085 M HEPES sodium pH 7.5, 1.7% v/v Polyethylene glycol 400, 1.7 M Ammonium sulfate, 15% v/v Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→19.85 Å / Num. obs: 22606 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 28.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.947 / Num. unique obs: 2359 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→19.85 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.55 Å2 / Biso mean: 51.7592 Å2 / Biso min: 30.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.35→19.85 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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