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万見
- PDB-7v56: Structure of AdaV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v56
タイトルStructure of AdaV
要素AdaV
キーワードOXIDOREDUCTASE / Halogenase
機能・相同性Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / metal ion binding / : / Isopenicillin N synthase-like Fe(2+) 2OG dioxygenase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Actinomadura sp. ATCC 39365 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Zhang, Z.Y. / Chen, W.Q. / Zhai, G.Q. / Zhang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2018YFA0903200 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Structural Insight into the Catalytic Mechanism of Non-Heme Iron Halogenase AdaV in 2'-Chloropentostatin Biosynthesis
著者: Zhai, G.Q. / Gong, R. / Lin, Y. / Zhang, M. / Li, J. / Deng, Z. / Sun, J. / Chen, W. / Zhang, Z.G.
履歴
登録2021年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AdaV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9612
ポリマ－35,9051
非ポリマー561
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)140.358, 140.358, 48.238
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-520-

HOH

21A-536-

HOH

31A-607-

HOH

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要素

#1: タンパク質 AdaV


分子量: 35904.703 Da / 分子数: 1 / 変異: N234A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinomadura sp. ATCC 39365 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U8X168
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.085 M HEPES sodium pH 7.5, 1.7% v/v Polyethylene glycol 400, 1.7 M Ammonium sulfate, 15% v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→19.98 Å / Num. obs: 25416 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.849 / Num. unique obs: 2455

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.27→19.98 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 1270 5 %
Rwork0.2001 24125 -
obs0.2016 25395 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.65 Å2 / Biso mean: 42.0697 Å2 / Biso min: 24.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 1 122 2137
Biso mean--83.08 47.03 -
残基数----267
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.27-2.360.22331320.216326522784
2.36-2.470.2311420.207526382780
2.47-2.60.21821320.220826682800
2.6-2.760.22771380.207726662804
2.76-2.970.22541410.214426782819
2.97-3.270.28151360.217226802816
3.27-3.740.22811330.195826942827
3.74-4.70.19891460.178126942840
4.7-19.980.23771700.199727552925

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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