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万見
- PDB-7v4t: Cryo-EM structure of Alphavirus M1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v4t
タイトルCryo-EM structure of Alphavirus M1
要素
  • Capsid protein
  • E1 glycoprotein
  • E2 glycoprotein
キーワードVIRUS / Alphavirus M1
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Alphavirus M1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å
データ登録者Gao, Y. / Jia, X. / Zhang, Q.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973342 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81773751 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81772675 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81903652 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81802536 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM evidence of viral N-glycosylation reveal receptor binding mechanisms of alphavirus M1
著者: Song, D. / Jia, X.
履歴
登録2021年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E1 glycoprotein
B: E2 glycoprotein
C: Capsid protein
E: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
G: Capsid protein
I: E1 glycoprotein
J: E2 glycoprotein
K: Capsid protein
M: E1 glycoprotein
N: E2 glycoprotein
O: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)499,22624
ポリマ－496,57112
非ポリマー2,65412
水00
1
A: E1 glycoprotein
B: E2 glycoprotein
C: Capsid protein
E: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
G: Capsid protein
I: E1 glycoprotein
J: E2 glycoprotein
K: Capsid protein
M: E1 glycoprotein
N: E2 glycoprotein
O: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,953,5381440
ポリマ－29,794,268720
非ポリマー159,270720
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: E1 glycoprotein
B: E2 glycoprotein
C: Capsid protein
E: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
G: Capsid protein
I: E1 glycoprotein
J: E2 glycoprotein
K: Capsid protein
M: E1 glycoprotein
N: E2 glycoprotein
O: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.5 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,496,128120
ポリマ－2,482,85660
非ポリマー13,27260
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: E1 glycoprotein
B: E2 glycoprotein
C: Capsid protein
E: E1 glycoprotein
F: E2 glycoprotein
G: Capsid protein
I: E1 glycoprotein
J: E2 glycoprotein
K: Capsid protein
M: E1 glycoprotein
N: E2 glycoprotein
O: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,995,354144
ポリマ－2,979,42772
非ポリマー15,92772
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
E1 glycoprotein


分子量: 47595.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alphavirus M1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0MNM2
#2: タンパク質
E2 glycoprotein


分子量: 46462.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alphavirus M1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0MNM2
#3: タンパク質
Capsid protein


分子量: 30084.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alphavirus M1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0MNM2
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Alphavirus M1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Alphavirus M1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
8PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11jspr最終オイラー角割当
13jspr３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32894 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00332300
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7143988
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.4684508
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0484956
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065656

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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