PDB-7v4s: Horcolin complex with methyl-alpha-mannose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v4s

タイトル

Horcolin complex with methyl-alpha-mannose

要素

Horcolin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Horcolin / mannose-binding lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

apoplast / D-mannose binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hordeum vulgare (オオムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Bobbili, K.B. / Sivaji, N. / Jayaprakash, N.G. / Narayanan, V. / Sekhar, A. / Suguna, K. / Surolia, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structure and Carbohydrate Recognition by the Nonmitogenic Lectin Horcolin.
著者: Narayanan, V. / Bobbili, K.B. / Sivaji, N. / Jayaprakash, N.G. / Suguna, K. / Surolia, A. / Sekhar, A.

履歴

登録	2021年8月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v4s.cif.gz	48.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v4s.ent.gz	30.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v4s_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v4s_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7v4s_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	7v4s_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/7v4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/7v4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v4zC 1x1vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7v4z-6 7kmv-7 7v4z-2 4piu-d 7kmv-1 7v4z-3 7kmv-6 6v2u-1 7v4z-4 6x3n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Horcolin

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Horcolin

ヘテロ分子

A: Horcolin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.840, 42.840, 139.201
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1043- HOH
2	1	A-1083- HOH

#1: タンパク質

Horcolin / Agglutinin / Mannose-specific lectin

分子量: 15136.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Hordeum vulgare (オオムギ)
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5U9T2

#2: 糖

ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→46.4 Å / Num. obs: 45978 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 11.4 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 6436 / CC_1/2: 0.77 / R_pim(I) all: 0.289 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1X1V

1x1v

解像度: 1.2→37.128 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2346	2326	5.062 %
R_work	0.2094	43626	-
all	0.211	-	-
obs	-	45952	96.761 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.729 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.169 Å²	0.084 Å²	0 Å²
2-	-	0.169 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.547 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→37.128 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1039	0	26	209	1274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.981	1.679	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.436	1.611	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.754	5	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.684	21.707	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.672	15	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.444	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.151	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.111	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.095	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.316	1.162	571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.301	1.16	570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.008	1.746	712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.009	1.748	713
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.153	1.393	516
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.151	1.394	517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.259	1.999	764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.257	2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.188	24.795	4826
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.455	23.256	4579

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.231	0.297	186	0.304	3069	X-RAY DIFFRACTION	94.184
1.231-1.265	0.271	142	0.276	3039	X-RAY DIFFRACTION	94.5039
1.265-1.302	0.321	165	0.29	2974	X-RAY DIFFRACTION	95.0636
1.302-1.342	0.313	156	0.266	2856	X-RAY DIFFRACTION	95.3165
1.342-1.386	0.267	153	0.257	2810	X-RAY DIFFRACTION	95.4575
1.386-1.434	0.282	138	0.255	2744	X-RAY DIFFRACTION	96.1628
1.434-1.488	0.311	149	0.248	2617	X-RAY DIFFRACTION	96.2422
1.488-1.549	0.281	146	0.261	2538	X-RAY DIFFRACTION	96.4774
1.549-1.618	0.306	116	0.243	2484	X-RAY DIFFRACTION	96.9787
1.618-1.697	0.269	125	0.244	2381	X-RAY DIFFRACTION	97.2826
1.697-1.788	0.269	97	0.23	2287	X-RAY DIFFRACTION	97.745
1.788-1.897	0.22	142	0.201	2120	X-RAY DIFFRACTION	97.9221
1.897-2.027	0.211	138	0.213	2024	X-RAY DIFFRACTION	98.1389
2.027-2.189	0.187	96	0.199	1935	X-RAY DIFFRACTION	98.6401
2.189-2.398	0.19	90	0.167	1783	X-RAY DIFFRACTION	98.7348
2.398-2.68	0.186	82	0.178	1638	X-RAY DIFFRACTION	99.1926
2.68-3.093	0.227	65	0.179	1473	X-RAY DIFFRACTION	99.4825
3.093-3.784	0.201	57	0.167	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.7696
3.784-5.333	0.178	45	0.166	1016	X-RAY DIFFRACTION	99.4377
5.333-37.1	0.284	38	0.238	596	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)