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- PDB-7v4e: Crystal Structure of VpsR display novel dimeric architecture and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v4e
タイトルCrystal Structure of VpsR display novel dimeric architecture and c-di-GMP binding: mechanistic implications in oligomerization, ATPase activity and DNA binding.
要素VpsR
キーワードTRANSCRIPTION / X-ray crystallography / Biofilm / Fluorescence quenching / ATPase activity / second-messenger
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
VpsR domain / VpsR domain / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type ...VpsR domain / VpsR domain / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Chakrabortty, T. / Sen, U.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)EMR/2015/000780 Dated 18-07-2016 インド
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Crystal Structure of VpsR Revealed Novel Dimeric Architecture and c-di-GMP Binding Site: Mechanistic Implications in Oligomerization, ATPase Activity and DNA Binding.
著者: Chakrabortty, T. / Roy Chowdhury, S. / Ghosh, B. / Sen, U.
履歴
登録2021年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VpsR
D: VpsR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0176
ポリマ－89,4442
非ポリマー1,5734
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, SEC and DLS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area39110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.687, 119.687, 81.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 VpsR


分子量: 44722.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: vpsR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AQ41
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.8M AMS, Bicine pH 8.8, NaCl 300mM / PH範囲: 8-8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.974 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月27日 / 詳細: bent cylindrical
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→48.162 Å / Num. obs: 19802 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.95 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 4→4.14 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Num. unique obs: 1095 / CC1/2: 0.86 / Rpim(I) all: 0.211 / Rrim(I) all: 0.405 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NY5

1ny5


解像度: 4→48.162 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.22 / 位相誤差: 34.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2797 1992 10.06 %
Rwork0.2415 --
obs0.2452 19802 90.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→48.162 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5872 0 102 0 5974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9538270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2022244
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041050
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0001-4.10010.3721500.3411268X-RAY DIFFRACTION93
4.1001-4.21090.38851550.32631300X-RAY DIFFRACTION93
4.2109-4.33470.34491360.30731300X-RAY DIFFRACTION91
4.3347-4.47460.30591470.28961246X-RAY DIFFRACTION88
4.4746-4.63440.33691310.26011252X-RAY DIFFRACTION89
4.6344-4.81980.36231540.2821268X-RAY DIFFRACTION88
4.8198-5.03890.29061420.26011287X-RAY DIFFRACTION94
5.0389-5.30420.36211480.27761301X-RAY DIFFRACTION93
5.3042-5.63610.2951430.28211287X-RAY DIFFRACTION91
5.6361-6.07050.36161530.28291219X-RAY DIFFRACTION87
6.0705-6.680.31441370.27861273X-RAY DIFFRACTION89
6.68-7.64320.271290.24371306X-RAY DIFFRACTION93
7.6432-9.61710.21171410.20241232X-RAY DIFFRACTION86
9.6171-48.1620.22091260.18971271X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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