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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v40 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Class I P450 monooxygenase (P450tol) from Rhodococcus coprophilus TC-2 | ||||||
要素 | p450tol monooxygenase | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / HEM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodococcus coprophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L.L. / Huang, J.W. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Molecular Basis for a Toluene Monooxygenase to Govern Substrate Selectivity 著者: Chen, C.C. / Dai, M. / Zhang, L. / Zhao, J. / Zeng, W. / Shi, M. / Huang, J.W. / Liu, W. / Guo, R.T. / Li, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v40.cif.gz | 120.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v40.ent.gz | 89.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v40.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v40_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v40_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7v40_validation.xml.gz | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v40_validation.cif.gz | 40.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/7v40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/7v40 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49406.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodococcus coprophilus (バクテリア) プラスミド: pRSF-Duet I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A088FL33 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 % / Mosaicity: 0.283 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: Na/K phosphate, glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9998 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.43→25 Å / Num. obs: 102645 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.097 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CPT 解像度: 1.43→24.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.894 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.054 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.07 Å2 / Biso mean: 20.33 Å2 / Biso min: 10.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.43→24.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.431→1.468 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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