PDB-7v3w: Crystal Structure of VpsR display novel dimeric architecture and ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v3w

タイトル

Crystal Structure of VpsR display novel dimeric architecture and c-di-GMP binding: mechanistic implications in oligomerization, ATPase activity and DNA binding.

要素

VpsR

キーワード

TRANSCRIPTION / X-ray crystallography / Biofilm / Fluorescence quenching / ATPase activity / second-messenger

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.205 Å

データ登録者

Chakrabortty, T. / Sen, U. / Chowdhury, S.R.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Crystal Structure of VpsR Revealed Novel Dimeric Architecture and c-di-GMP Binding Site: Mechanistic Implications in Oligomerization, ATPase Activity and DNA Binding.
著者: Chakrabortty, T. / Roy Chowdhury, S. / Ghosh, B. / Sen, U.

履歴

登録	2021年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v3w.cif.gz	320.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v3w.ent.gz	264.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v3w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v3w_validation.pdf.gz	977.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v3w_full_validation.pdf.gz	1001.9 KB	表示
XML形式データ	7v3w_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	7v3w_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v3w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7v2bC 7v2vC 7v4eC 1ny5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VpsR

D: VpsR

ヘテロ分子

90.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking, SEC, DLS

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.788, 118.788, 79.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	VpsR 分子量: 44722.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: vpsR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AQ41
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.8M AMS, bicine pH 8.8 NaCl, 300mM / PH範囲: 8-8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月27日 / 詳細: Bent Cylindrical
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→47.51 Å / Num. obs: 20013 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 3.2→3.43 Å / R_merge(I) obs: 1.373 / Num. unique obs: 1896 / CC_1/2: 0.363 / R_pim(I) all: 0.894 / R_rim(I) all: 1.651 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1NY5

1ny5

解像度: 3.205→47.505 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 34.93 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2732	1922	4.92 %
R_work	0.224	-	-
obs	0.2315	20013	95.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.205→47.505 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5882	0	62	0	5944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6056
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	8212
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.972	2270
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	936
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1050

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2085-3.2886	0.4802	150	0.4338	2740	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2886-3.3774	0.3679	148	0.4256	2744	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3774-3.4767	0.3768	140	0.3713	2736	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4767-3.5888	0.3485	114	0.3654	2692	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5888-3.7168	0.3101	150	0.348	2714	X-RAY DIFFRACTION	92
3.7168-3.8654	0.2946	140	0.3271	2714	X-RAY DIFFRACTION	92
3.8654-4.041	0.3247	136	0.3299	2734	X-RAY DIFFRACTION	94
4.041-4.2535	0.265	148	0.2915	2712	X-RAY DIFFRACTION	93
4.2535-4.5193	0.2822	140	0.2671	2590	X-RAY DIFFRACTION	91
4.5193-4.8671	0.287	130	0.2468	2688	X-RAY DIFFRACTION	91
4.8671-5.3547	0.2241	136	0.2247	2670	X-RAY DIFFRACTION	91
5.3547-6.1246	0.2792	134	0.2476	2568	X-RAY DIFFRACTION	88
6.1246-7.6976	0.3305	128	0.2204	2466	X-RAY DIFFRACTION	85
7.6976-31.4663	0.229	128	0.1269	2347	X-RAY DIFFRACTION	80

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9181	6.3972	-5.7132	4.9111	0.8255	5.8844	-0.4979	-1.6216	-0.3286	1.7526	-1.468	-0.7367	-0.4419	-0.2774	1.0687	1.6253	0.1534	0.0263	1.6697	0.0338	1.1085	78.46	143.9479	9.7476
2	4.5006	3.4101	0.541	7.596	7.0432	1.4202	-0.3459	0.298	-0.3655	0.1505	0.4155	-0.7519	0.6047	0.0806	-0.1459	1.5461	0.0384	0.1639	1.5221	0.152	0.9403	73.7292	137.2457	0.9344
3	8.9097	-7.8201	3.1861	1.4973	-0.6154	6.9804	-0.1634	-1.185	-1.3849	1.7287	-0.696	0.5351	-1.9168	-0.607	0.5045	1.8345	-0.0932	0.2822	1.4758	0.0171	1.7566	67.1009	161.2423	-6.3787
4	3.4184	5.2309	0.0193	7.8578	-2.2908	8.7645	-0.9127	-2.5772	-2.7666	2.0048	-0.7892	-2.669	0.6979	0.3995	1.3963	2.1557	0.0194	-0.5275	1.5409	0.2475	0.8749	61.7267	153.2471	-11.2442
5	1.7839	-1.0745	1.5234	5.361	-2.7513	2.9223	0.2726	1.0194	-0.0456	-1.8761	-0.0904	-0.2446	-0.7171	0.1764	-0.1518	2.3003	0.2144	0.4185	1.6644	0.0915	0.8314	53.5607	150.7286	-29.8015
6	3.2617	-3.8621	-3.8437	1.0426	1.8216	-0.129	-0.3824	0.3746	-0.2447	-0.1687	-1.0563	0.329	1.1706	0.2427	1.3106	2.0755	0.156	0.2602	1.702	0.0902	1.0551	50.7922	155.8697	-11.9138
7	8.2535	0.801	-0.3161	10.192	-3.7201	1.1095	0.0173	-1.7116	-0.0684	0.1492	0.2329	0.3904	0.1295	0.2985	0.1182	1.6532	-0.0202	0.0023	1.6483	-0.1101	0.7174	37.4403	168.6366	-3.5551
8	9.3437	-3.3736	1.9076	2.9089	4.9822	6.3154	0.0614	1.6687	-0.2567	-1.0087	-0.3429	-0.3899	0.2903	1.1634	0.1971	1.7329	-0.1796	0.4092	1.9603	0.0209	1.4244	82.4324	131.0278	-25.8826
9	11.2491	1.6203	0.0712	3.998	-1.739	4.0472	0.8807	0.0573	0.4782	-1.3827	-2.4547	-1.5685	-0.362	0.4947	1.3007	1.9392	0.3896	0.3232	1.9867	0.3423	1.0973	73.689	138.1599	-21.7719
10	2.8051	-4.4315	0.5654	8.7379	-1.2316	9.3305	-0.8678	1.968	-1.1868	2.8384	0.6247	0.5689	-0.418	-1.0368	0.3539	2.3869	0.1896	0.3061	1.5844	-0.0271	1.0083	81.8445	146.8245	-17.8234
11	4.3764	0.652	1.1191	3.0225	-1.112	0.6381	0.4813	-0.2559	-0.746	0.2928	-0.2141	0.0664	0.9719	-0.4039	-0.2109	2.4182	-0.1343	-0.0374	1.7744	0.039	0.6222	55.9384	124.9647	-2.3246
12	10.2266	-4.0453	-4.6304	10.4369	4.4947	4.3609	0.3968	1.3581	1.9076	3.9782	-2.5497	5.8388	2.9304	-2.196	-0.3884	2.5407	-0.5158	-0.2017	1.6691	1.7702	0.8038	48.1724	127.6234	7.7736
13	5.2232	0.9195	0.7556	2.95	1.7289	0.1823	0.5501	0.7971	0.2309	-0.0609	0.2655	0.201	0.2749	-0.1957	-0.7613	1.7472	-0.0767	-0.2387	1.3375	0.3019	1.0352	39.8462	123.4219	-5.8005

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 128 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 129 through 151 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 152 through 174 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 175 through 289 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 290 through 332 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 333 through 382 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 7 through 51 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 52 through 86 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 87 through 115 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 116 through 227 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 228 through 246 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 247 through 382 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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