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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v2z | ||||||
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タイトル | ZIKV NS3helicase in complex with ssRNA and ATP-Mn2+ | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / ZIKV NS3helicase | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lin, M.M. / Yang, H.T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Zika Virus Helicase in RNA Unwinding and ATP Hydrolysis. 著者: Lin, M. / Cui, W. / Tian, H. / Zhang, Y. / Chen, C. / Yang, X. / Chi, H. / Mu, Z. / Chen, C. / Wang, Z. / Ji, X. / Yang, H. / Lin, Z. #1: ![]() タイトル: Structure of ZIKV NS3helicase in complex of ssRNA and ATP-Mn2+ at 2.1 Angstroms resolution 著者: Lin, M.M. / Yang, H.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5jmtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49587.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1B0YUR2, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1570.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-MN / |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate pH 7.4 and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.89 Å / Num. obs: 25785 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 2.72 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.443 / Num. unique obs: 1307 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5JMT 解像度: 2.10101667251→40.809811361 Å / SU ML: 0.248772722078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34895096599 / 位相誤差: 27.3925161256 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.0964759979 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.10101667251→40.809811361 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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