PDB-7v2s: Crystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase JHAM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v2s

タイトル

Crystal structure of juvenile hormone acid methyltransferase JHAMT isoform3 from silkworm

要素

Methyltranfer_dom domain-containing protein

キーワード

HORMONE / juvenile hormone / methyltransferase / insects

機能・相同性

Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Methyltranfer_dom domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bombyx mori (カイコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2.133 Å

データ登録者

Guo, P.C. / Zhang, Y.S. / Zhang, l. / Xu, H.Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural characterization and functional analysis of juvenile hormone acid methyltransferase JHAMT3 from the silkworm, Bombyx mori.
著者: Zhang, L. / Xu, H. / Zhang, Y. / Zhang, H. / Wang, Z. / Guo, P. / Zhao, P.

履歴

登録	2021年8月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v2s.cif.gz	215.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v2s.ent.gz	171.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v2s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7v2s_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7v2s_full_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示
XML形式データ	7v2s_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	7v2s_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/7v2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/7v2s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7veoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltranfer_dom domain-containing protein

B: Methyltranfer_dom domain-containing protein

68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.057, 52.564, 57.261
Angle α, β, γ (deg.)	69.007, 75.727, 83.352
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Methyltranfer_dom domain-containing protein / juvenile hormone acid methyltransferase isoform3 分子量: 34188.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9JLJ1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris pH8.5, 0.2M magnesium chloride, 20% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→52.14 Å / Num. obs: 28167 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.114 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 17.11
反射シェル	解像度: 2.13→2.22 Å / R_merge(I) obs: 0.452 / Num. unique obs: 2312

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.133→52.137 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / WR_factor R_free: 0.244 / WR_factor R_work: 0.193 / SU B: 7.032 / SU ML: 0.177 / Average fsc free: 0.8702 / Average fsc work: 0.8931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2417	1382	4.906 %	RANDOM
R_work	0.1945	26785	-	-
all	0.197	-	-	-
obs	-	28167	93.893 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.038 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.638 Å²	-2.51 Å²	0.272 Å²
2-	-	0.867 Å²	0.506 Å²
3-	-	-	-1.897 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.133→52.137 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4218	0	0	10	4228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.649	5800
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.254	1.583	9376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.421	5	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.394	23.904	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.455	15	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.744	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	3667
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.543	4.677	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.536	4.676	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.22	7.011	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.222	7.012	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.678	5.267	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.677	5.266	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.301	7.642	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.3	7.642	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.571	55.296	4670
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.57	55.298	4671

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.133-2.188	0.318	84	0.284	1478	0.286	2207	0.717	0.761	70.7748	0.268
2.188-2.248	0.26	86	0.258	1700	0.258	2121	0.818	0.824	84.2056	0.24
2.248-2.313	0.318	97	0.262	1872	0.265	2171	0.775	0.822	90.6955	0.245
2.313-2.384	0.291	88	0.242	1828	0.244	2043	0.807	0.86	93.7837	0.219
2.384-2.462	0.263	81	0.232	1790	0.234	1939	0.84	0.865	96.493	0.213
2.462-2.548	0.289	99	0.229	1763	0.232	1907	0.843	0.879	97.6403	0.211
2.548-2.644	0.273	89	0.225	1716	0.227	1846	0.874	0.893	97.779	0.206
2.644-2.752	0.292	89	0.216	1679	0.22	1803	0.868	0.896	98.0588	0.203
2.752-2.874	0.26	97	0.206	1562	0.21	1691	0.899	0.905	98.1076	0.193
2.874-3.014	0.235	70	0.202	1548	0.204	1640	0.922	0.915	98.6585	0.189
3.014-3.176	0.269	82	0.2	1422	0.203	1535	0.898	0.923	97.9805	0.189
3.176-3.368	0.217	75	0.175	1369	0.177	1466	0.933	0.946	98.4993	0.173
3.368-3.6	0.208	63	0.172	1294	0.174	1381	0.936	0.951	98.2621	0.172
3.6-3.887	0.211	67	0.168	1196	0.17	1294	0.942	0.957	97.6043	0.17
3.887-4.255	0.224	42	0.157	1083	0.16	1164	0.939	0.958	96.6495	0.168
4.255-4.753	0.218	51	0.162	990	0.165	1086	0.944	0.953	95.8564	0.177
4.753-5.481	0.187	37	0.162	857	0.163	912	0.956	0.964	98.0263	0.179
5.481-6.695	0.282	35	0.226	753	0.229	813	0.917	0.924	96.925	0.243
6.695-9.391	0.233	29	0.178	580	0.181	620	0.925	0.943	98.2258	0.2
9.391-52.137	0.212	21	0.215	305	0.215	349	0.964	0.95	93.4097	0.247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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