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- PDB-7v1l: Structure of sNASP core in complex with H3 alpha3 helix peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v1l
タイトルStructure of sNASP core in complex with H3 alpha3 helix peptide
要素
  • H3 alpha3 helix peptide
  • Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
キーワードCHAPERONE / histone chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chromosome condensation / Barr body / : / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / muscle cell differentiation / oocyte maturation / nucleosomal DNA binding / nucleus organization / spermatid development ...negative regulation of chromosome condensation / Barr body / : / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / muscle cell differentiation / oocyte maturation / nucleosomal DNA binding / nucleus organization / spermatid development / single fertilization / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / embryo implantation / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / multicellular organism growth / male gonad development / Transcriptional regulation of granulopoiesis / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cell growth / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein / Histone H3.3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.849 Å
データ登録者Bao, H. / Huang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2018YFC1004500 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: NASP maintains histone H3-H4 homeostasis through two distinct H3 binding modes.
著者: Bao, H. / Carraro, M. / Flury, V. / Liu, Y. / Luo, M. / Chen, L. / Groth, A. / Huang, H.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
V: H3 alpha3 helix peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6482
ポリマ－30,6482
非ポリマー00
水00
1
B: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
V: H3 alpha3 helix peptide

B: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
V: H3 alpha3 helix peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2974
ポリマ－61,2974
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area7110 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.902, 177.051, 65.892
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein / NASP / NASP


分子量: 28262.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence is amino acids 30 to 340 from sp P49321-2(NASP_HUMAN Isoform 2) with a deletion of amino acids 101-159.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NASP
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P49321-2
#2: タンパク質・ペプチド H3 alpha3 helix peptide


分子量: 2385.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H3-3A, H3.3A, H3F3, H3F3A, PP781, H3-3B, H3.3B, H3F3B
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P84243

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.4M Na-K phosphate, pH 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9766 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.849→40 Å / Num. obs: 9497 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 70.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.149 / Χ2: 0.501 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.85-2.95109260.4750.390.36398.4
2.95-3.07119090.7290.2840.37599.80.920.964
3.07-3.2111.39350.8970.2130.3961000.6960.729
3.21-3.3812.79480.9650.1360.4231000.470.49
3.38-3.5912.99300.9820.0910.45199.90.3170.33
3.59-3.8712.79490.9880.0640.5111000.2190.228
3.87-4.2611.99460.9940.0430.5721000.1450.151
4.26-4.8713.29470.9970.0310.6171000.1110.115
4.87-6.1312.19770.9960.0320.55899.90.110.114
6.13-4012.110300.9980.0180.67399.90.0590.062

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NQ0

4nq0


解像度: 2.849→36.742 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 469 4.95 %
Rwork0.2005 9009 -
obs0.2031 9478 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.23 Å2 / Biso mean: 72.8168 Å2 / Biso min: 38.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.849→36.742 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1852 0 0 0 1852
残基数----235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9352518
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0451153
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.849-3.26090.32621330.2675295199
3.2609-4.10750.26361590.20192981100
4.1075-36.7420.22421770.18213077100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 56.5464 Å / Origin y: 71.4866 Å / Origin z: 39.3053 Å
111213212223313233
T0.3648 Å20.0032 Å2-0.0222 Å2-0.5185 Å2-0.0776 Å2--0.4053 Å2
L0.4604 °2-0.1042 °2-0.3423 °2-1.7221 °2-0.1341 °2--0.4202 °2
S-0.1698 Å °0.0381 Å °-0.089 Å °-0.1331 Å °0.0168 Å °-0.0184 Å °0.1071 Å °-0.1662 Å °0.1367 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB38 - 332
2X-RAY DIFFRACTION1allV120 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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