[日本語] English
万見
- PDB-7v1k: Apo structure of sNASP core -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v1k
タイトルApo structure of sNASP core
要素Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
キーワードCHAPERONE / histone chaperone
機能・相同性Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.287 Å
データ登録者Bao, H. / Huang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2018YFC1004500 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: NASP maintains histone H3-H4 homeostasis through two distinct H3 binding modes.
著者: Bao, H. / Carraro, M. / Flury, V. / Liu, Y. / Luo, M. / Chen, L. / Groth, A. / Huang, H.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2621
ポリマ－28,2621
非ポリマー00
水00
1
A: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein

A: Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5252
ポリマ－56,5252
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/31
Buried area3860 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.358, 95.358, 206.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

-
要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Nuclear autoantigenic sperm protein / NASP / NASP


分子量: 28262.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence is amino acids 30 to 340 from sp P49321-2(NASP_HUMAN Isoform 2) with a deletion of amino acids 101-159.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NASP
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P49321-2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M HEPES (pH7.5), 40% v/v PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.287→40 Å / Num. obs: 9058 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 33.2 % / Biso Wilson estimate: 122.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.147 / Χ2: 0.394 / Net I/σ(I): 1.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3.3-3.4225.98700.5180.420.34399.8
3.42-3.5530.58690.9320.3240.357100
3.55-3.7233.28770.8950.2490.356100
3.72-3.9134.28740.9690.1560.3771000.9150.928
3.91-4.16329000.9840.0980.39499.90.5480.557
4.16-4.48378930.9950.0540.4171000.330.335
4.48-4.9337.28890.9980.0360.4241000.2210.224
4.93-5.6436.19220.9980.0350.4121000.2080.211
5.64-7.133.89300.9980.0230.4271000.1310.133
7.1-4031.8103410.0080.40199.80.0460.046

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NQ0

4nq0


解像度: 3.287→39.178 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 674 7.49 %
Rwork0.2391 8326 -
obs0.2406 9000 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 215.19 Å2 / Biso mean: 131.8047 Å2 / Biso min: 88.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.287→39.178 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1740 0 0 0 1740
残基数----220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8762368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0391079
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.2871-3.54080.33791180.34541610
3.5408-3.89680.29281410.26221602
3.8968-4.460.21511390.18931645
4.46-5.61650.2381580.21641646
5.6165-39.1780.27591180.24571823
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.4341 Å / Origin y: -21.2588 Å / Origin z: 17.3432 Å
111213212223313233
T1.2554 Å2-0.0934 Å20.0762 Å2-1.1688 Å2-0.0692 Å2--1.1427 Å2
L0.2624 °2-0.1633 °2-0.7937 °2-0.4082 °2-1.0877 °2--2.0156 °2
S-0.0189 Å °-0.0094 Å °-0.0059 Å °-0.327 Å °-0.0137 Å °-0.0956 Å °0.9068 Å °-0.1441 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る