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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v1g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Omsk hemorrhagic fever virus NS5 MTase (with a GMP-Arg28 adduct and in complex with SAM) | ||||||
![]() | Core protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Guanylyltransferase / methyltransferase / VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / GTP binding / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jia, H. / Gong, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Flavivirus NS5 Guanylyltransferase Reveal a GMP-Arginine Adduct. 著者: Jia, H. / Zhong, Y. / Peng, C. / Gong, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7fjtC ![]() 7v1bC ![]() 7v1cC ![]() 7v1dC ![]() 7v1eC ![]() 7v1fC ![]() 7v1hC ![]() 7v1iC ![]() 7v1jC ![]() 4k6mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29948.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET26b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C4TPE0, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase |
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-非ポリマー , 7種, 245分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/SAM.gif)
![](data/chem/img/5GP.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/SAM.gif)
![](data/chem/img/5GP.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#4: 化合物 | ChemComp-SAM / |
#5: 化合物 | ChemComp-5GP / |
#6: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#7: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 / 詳細: isopropanol, trisodium citrate, PEG 4000, glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月31日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 57331 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 12.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 342078 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4K6M 解像度: 1.38→32.71 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 25.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 49.55 Å2 / Biso mean: 17.6779 Å2 / Biso min: 5.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.38→32.71 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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