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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v1e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Omsk hemorrhagic fever virus NS5 MTase (in complex with SAH and m7GpppAmG) | ||||||
要素 | Core protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Guanylyltransferase / methyltransferase / VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / GTP binding / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Omsk hemorrhagic fever virus (オムスク出血熱ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | ||||||
データ登録者 | Jia, H. / Gong, P. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022 タイトル: Crystal Structures of Flavivirus NS5 Guanylyltransferase Reveal a GMP-Arginine Adduct. 著者: Jia, H. / Zhong, Y. / Peng, C. / Gong, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v1e.cif.gz | 78.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v1e.ent.gz | 54.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v1e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/7v1e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7fjtC 7v1bC 7v1cC 7v1dC 7v1fC 7v1gC 7v1hC 7v1iC 7v1jC 4k6mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29948.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Omsk hemorrhagic fever virus (オムスク出血熱ウイルス) プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL 参照: UniProt: C4TPE0, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase |
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-非ポリマー , 5種, 209分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
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#3: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#4: 化合物 | ChemComp-V9G / |
#5: 化合物 | ChemComp-5GP / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 / 詳細: isopropanol, trisodium citrate, PEG 4000, glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月30日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 37031 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 12.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.816 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 164089 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4K6M 解像度: 1.59→20.48 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.2 Å2 / Biso mean: 17.8158 Å2 / Biso min: 3.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.59→20.48 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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